Chế độ thú cưng mới của Harry Potter: Hogwarts Mystery cho phép các cô cậu phù thủy được nuôi nhiều pet trong ký túc xá, chọn 1 con tháp tùng mình cả ngày. Đám thú cưng không chỉ để làm cảnh mà còn có thể tăng năng lượng cho chủ mỗi khi được đánh thức. Tuy nhiên việc sở hữu một con thú là không hề đơn giản, các game thủ buộc phải kiên nhẫn hoặc chi nhiều tiền.
Có 4 loài thú cưng được mang vào trường học, bao gồm Chuột, Cóc, Mèo, Cú – giống hệt như trong bộ truyện gốc. Điểm khác biệt là game có 4 vịt trí trống để nuôi thú, như vậy là mỗi nhân vật có thể sở hữu nhiều con cùng lúc. Giá của từng loại pet lần lượt là 160 Gem – 160 Gem – 215 Gem – 320 Gem. Trong đó một con cú là loài pet có giá cao nhất – 320 Gem. Một game thủ chơi gần hết 1 “năm học” cũng chỉ kiếm được 135 gem. Hiện vẫn chưa có cách nhận thưởng miễn phí 1 pet.
Như vậy là để sở hữu một con cú như Harry Potter, game thủ phải chờ hoàn thành vài năm học, hoặc mạnh tay dốc hầu bao. Theo tính toán thì cách rẻ nhất để mua cú là mua 1 gói 275 Gem giá 9,99 Bảng, cộng thêm 2 gói 25 Gem giá 0,99 Bảng. Như vậy một con cú tiêu tốn 11,99 Bảng, khoảng 360 nghìn đồng. Mức giá này khiến người chơi thấu hiểu vì sao Ron lại chấp nhận “thừa kế” một con chuột, trong khi nhiều người lên tiếng cảnh báo đừng để con cái nhìn thấy trò chơi này. Ngoài tính năng nuôi thú, Harry Potter: Hogwarts Mystery tiếp tục cập nhật thêm nhiều nội dung bổ sung khác, bao gồm lớp học Chăm Sóc Sinh Vật Huyền Bí.