Nhắc tới bộ truyện tranh Yugi Oh, độc giả sẽ không mất quá nhiều thời gian để nhớ ngay tới nhân vật chính, và cũng là tên của bộ truyện, Yugi Muto. Thế nhưng, chỉ một mình Yugi Muto thì không bao giờ tạo nên được cuộc phiêu lưu kỳ thú, trải dài suốt tuổi thơ của chúng ta như cách mà bộ truyện Yugi Oh đã làm. Câu chuyện chỉ thật sự thú vị, kể từ khi cậu chàng "giải mã" thành công Trò Chơi Ngàn Năm và gặp được con người thứ hai của mình.
Theo dõi xuyên suốt bộ truyện Yugi Oh từ những ngày đầu cho tới hết hành trình trên pháo đài Vegasasu, vai trò của Yugi thứ hai luôn rất nổi bật, thậm chí là có phần che mờ Yugi "bản gốc". Thế nhưng, tiểu sử cũng như nguồn gốc, hay đơn giản chỉ là tên gọi thật sự Yugi thứ hai gần như chẳng bao giờ được nhắc tới.
Yugi thứ hai, hay “Yugi bóng tối” (Yami Yugi) gần như đã trở thành cái tên quen thuộc và cũng là cách xưng hô dành cho nhân vật này. Và trong hành trình cuối cùng của Yugi, nguồn gốc thật sự của Yugi thứ hai cũng được tiết lộ từ sau cuộc đấu bài trên đảo Vegasasu.
Thân phận thật sự của Yami Yugi là Atem, vị Pharaoh thứ 18 của Ai Cập mà trên bức hình Ishizu Ishtar nói tới và đã bị phong ấn linh hồn vào Trò Chơi Ngàn Năm. Khác với bản tính nhân hậu, thuần lương của Yugi phiên bản chính, Atem tỏ ra vô cùng thông minh, quyết đoán và luôn đặt lý trí lên đầu.
Đó cũng chính là lý do, trong trận đấu với Kaiba tại pháo đài Vegasasu, trong khi Atem kiên quyết kêu gọi quái vật tấn công để kết thúc trận đấu, thì Yugi nhân hậu lại chính là người đứng ra ngăn cản. Khi cậu không nhẫn tâm đẩy một con người, dù từng là kẻ thù như Kaiba tới bước đường diệt vong, dù biết rằng quyết định ấy có thể dập tắt mơ ước cứu được ông nội của mình. Tuy đối lập trong tính cách, nhưng hai Yugi lại cực kỳ ăn ý, và nhất là luôn đồng sinh cộng tử trong những thời khắc khó khăn nhất.
So với các linh hồn khác trong bảo vật ngàn năm thì Atem được coi là nhân vật mang trong mình tâm hồn lương thiện nhất. Không những coi trọng tình bạn với những Anzu, Honda hay Jonouchi, Atem còn luôn đặt niềm tin vào họ, như cái cách mà anh chàng tin tưởng Yugi vậy. Và niềm tin ấy đã được đền đáp xứng đáng, khi mà nếu như không có những người bạn của mình cùng Yugi, Atem đã chẳng thể nào làm nên những chiến thắng thuyết phục như cái cách mà anh chàng đánh bại Vegasasu.
Theo cốt truyện phần tiếp theo, sau khi giành được đủ 3 lá bài thần linh, và nhận được những lời gợi ý từ Marik của bộ tộc người giữ mộ, Yugi cùng bạn bè bắt đầu hành trình tìm về quá khứ, tìm về nguồn gốc thật sự của Yami Yugi. Tới đây, Atem mới nhận ra rằng mình chính là linh hồn của Pharaoh thứ 18 của Ai Cập từ hơn 3000 năm về trước.
Cũng trong chuyến phiêu lưu này, những bí mật dần dần được hé mở, cả về nguồn gốc của Kaiba Seto – vị tế tư thân cận và quyền lực bậc nhất trong triều đại của Atem. Trong trận chiến cuối cùng với linh hồn bóng tối của Vòng Tròn Ngàn Năm do Bakura sở hữu, Atem, với sự giúp đỡ của bạn bè, đã tìm ra tên thật của mình, qua đó kích hoạt thần chú triệu hồi cả 3 vị thần cùng lúc, kết hợp lại tạo nên thần ánh sáng Horakhty, chiến thắng sức mạnh bóng tối của Zorc – gã quái vật được triệu hồi từ Bakura bóng tối. Đây cũng là hồi ức cuối cùng của Atem, trước khi cậu rời khỏi thế giới ký ức này.
Nhiệm vụ cuối cùng của Atem được miêu tả khá rõ ràng trong trận đấu cuối cùng, khi mà cậu chàng phải qua thế giới bên kia, với mục đích bảo vệ các bảo vật ngàn năm tránh xa khỏi bàn tay của nhân loại. Nhưng để làm như vậy, Atem bắt buộc phải tìm ra một cái tên đủ sức đấu bài thắng cậu.
Và không ai khác, người chiến hữu thân cận, người bạn đồng hành thân thiết, Yugi chính là người xuất trận, lĩnh xướng trọng trách này. Nếu như Yugi thắng, Atem sẽ ở lại và tiếp tục là chiến hữu của cậu, còn nếu Atem thắng, điều này cũng đồng nghĩa với cuộc sống của Yugi sẽ trở lại như xưa, trước khi cậu giải mã thành công Trò Chơi Ngàn Năm. Và trận đấu định mệnh ấy cũng sẽ là lần cuối cùng mà Atem và Yugi có cơ hội song hành với nhau.