Dưới đây là những cảnh bị kiểm duyệt đáng tiếc nhất trong anime Naruto so với manga:
Hang ổ của Orochimaru - Chương 121 trong manga, tập 72 trong anime Naruto


Anime Naruto đã không thể hiện tốt cảnh cho thấy các thí nghiệm trên con người của Orochimaru từ manga. Đây là chi tiết rất quan trọng để vẽ nên bức tranh toàn cảnh về cái giá con người phải trả trong hành trình tìm kiếm sự bất tử của Orochimaru. Những xác chết bị tháo rời cho thấy lý do tại sao các thí nghiệm trên con người của Orochimaru thực sự khiến hắn trở thành kẻ không thể dung thứ.
Shikamaru không hút thuốc - Chương 328 trong manga, tập 80 trong anime Naruto: Shippuden


Trong cả bản chuyển thể anime Naruto và bản dịch manga tiếng Anh, Shikamaru cầm bật lửa của Asuma sau khi anh qua đời. Tuy nhiên, trong manga gốc, Shikamaru thực sự hút thuốc để vinh danh Asuma. Xem xét sự trưởng thành của Shikamaru trong suốt Naruto và số phận cuối cùng của anh là một Hokage tạm thời trong Boruto, cảnh này có thêm một khía cạnh đắng cay.
Không chỉ mang theo chiếc bật lửa của Asuma, quyết định hút thuốc của Shikamaru để phản ánh hành vi của Asuma, chứ không chỉ giữ lại một kỷ vật.
Ảo thuật của Kakashi - Chương 6 trong manga, tập 5 trong anime Naruto


Khi câu chuyện phát triển, chúng ta thấy rõ ràng rằng ảo thuật có thể đáng sợ đến mức nào. Tuy nhiên, bộ truyện tranh Naruto đã nêu trường hợp này sớm hơn nhiều so với anime. Trong bài kiểm tra chuông, khi Đội 7 phải cố gắng đánh cắp một chiếc chuông từ Kakashi. Kakashi đặt Sakura vào trạng thái ảo thuật, nơi cô có trải nghiệm siêu thực về một Sasuke bị cắt xẻo và bất tỉnh.
Vấn đề là, đối với Đội 7, toàn bộ trải nghiệm này hoạt động như một bài kiểm tra căng thẳng tàn nhẫn cho họ thấy thực tế tàn khốc của chiến đấu ninja. Trong manga, Kakashi cho Sakura thấy một viễn cảnh kinh hoàng hơn nhiều về Sasuke, nơi tứ chi của cậu bị mất hoặc bị biến dạng. Còn trong anime, nỗi kinh hoàng đã được thu hẹp lại, với Sasuke trong tình trạng đẫm máu và bị đâm bằng một số kunai.
Ảo thuật của Tayuya - Chương 208 trong manga, tập 122 trong anime Naruto


Khi một đội shinobi trẻ tuổi của Konoha chạy đến chống lại Tứ quái làng Âm thanh trong arc Nhiệm vụ giải cứu Sasuke của Naruto, Shikamaru đối đầu với Tayuya. Tayuya tung ra một ảo thuật hoàn toàn khiến người ta phải rùng mình.
Khoảnh khắc này trong manga, phần thịt cánh tay của Shikamaru tan chảy và để lộ ra bộ xương. Còn trong anime, toàn bộ cánh tay của Shikamaru nhũn ra, bao gồm cả xương. Nhìn chung, anime không đi đủ xa trong việc truyền tải nỗi kinh hoàng từ ảo ảnh ảo giác của ảo thuật. Ảo ảnh ảo thuật của Sakura và Shikamaru đều bị kiểm duyệt trong các phần kết thúc của loạt phim gốc.
Phân thân của Naruto bị Kaguya đánh trúng - Chương 684 trong manga, tập 470 trong anime Naruto: Shippuden


All-Killing Ash Bones của Kaguya là một thuật thực sự đáng sợ, thể hiện rõ lý do tại sao Kaguya vượt qua Madara để trở thành nhân vật phản diện mạnh nhất của Naruto. Thuật này xé nát nạn nhân của nó ở cấp độ phân tử.
Điều này được truyền tải đầy đủ trong manga Naruto, khi một trong những phân thân bóng tối của Naruto bị xuyên thủng bởi nhẫn thuật này và hét lên đau đớn. Khi lên anime, hiệu ứng của cảnh này bị giảm bớt, khi phân thân bóng tối của Naruto chết trong im lặng.
Cuộc trốn thoát của Guren khỏi nơi ẩn náu - Chương 349 trong manga, tập 117 trong anime Naruto: Shippuden


Guren là một trong những tù nhân bị Orochimaru giam giữ tại nơi ẩn náu phía Bắc. Khi Guren cố gắng trốn thoát trong phần Nhiệm vụ truy đuổi Itachi, anh ta bị một số lính canh cản trở. Guren tấn công họ và hiện trường vô cùng đẫm máu, truyền tải sự bạo lực khủng khiếp.
Nhưng trong anime, cảnh này rất ít máu đổ. Sự kiểm duyệt ở cảnh này không có tác dụng gì nhiều nhưng đã phá hỏng tác động của cảnh phim. Mặt khác, khi Guren đối đầu với Sasuke và Hebi, cơn khát máu khiến anh ta trở thành một đối thủ thực sự đáng gờm đã không được thể hiện hiệu quả, làm giảm tác động khi Sasuke và đồng bọn dễ dàng hạ gục anh ta.
Nguyền ấn gia tộc Hyuga - Chương 102 trong manga, tập 61 trong anime Naruto


Trong Naruto, gia tộc Hyuga được chia thành hai nhánh, Tông gia và Phân gia. Từ khi sinh ra, những người thuộc Phân Gia sẽ bị mặc định phải bảo vệ Tông Gia. Theo đó, người của Phân gia sẽ bị đặt một nguyền ấn lên trán khi người kế tục của Tông gia lên ba. Nguyền ấn này giúp cho người của Tông gia kiếm soát tuyệt đối người của Phân gia, họ có thể phá hủy tế bào não của đối tượng chỉ với một thủ ấn đơn giản, hay làm đối tượng đau đớn để trừng phạt.
Nguyền ấn này được truyền đạt thông qua một manji trong manga —một biến thể ngược chiều kim đồng hồ của chữ vạn. Do có liên quan đến chủ nghĩa Quốc xã bên ngoài Châu Á, phiên bản tiếng Anh của manga và anime đều thay thế manji bằng một chữ thập hình chữ X đơn giản. Trên thực tế, đây là một thay đổi rất có trách nhiệm.