Dưới đây là 7 nhóm tội phạm trong Naruto và Boruto với quy mô lớn có nhiều thành viên.
1. Làng Âm Thanh
Làng Âm Thanh là ngôi làng được Orochimaru thành lập, nhằm phục vụ cho mục đích thí nghiệm của mình bằng cách tìm kiếm và bắt giữ nhiều ninja từ khắp mọi nơi. Trong thực tế, làng Âm Thanh không hẳn là một ngôi làng, nó chỉ là một phòng thí nghiệm khổng lồ đồng thời bao gồm nhiều căn cứ nhỏ nằm trải rác tên lãnh thổ của ngôi làng và vài quốc gia khác. Nhẫn giả của làng Âm Thanh có kỹ năng đa dạng, chủ yếu là kết quả của các cuộc thí nghiệm trên cơ thể người của Orochimaru.
Đội Dosu, dưới sự ra lệnh của Orochimaru, đã tham gia kì thi Chuunin với nhiệm vụ "Hạ sát Uchiha Sasuke". Nhưng mục đích thật sự của nhiệm vụ này là tạo điều kiện để Orochimaru đặt ấn chú tên người Sasuke và chiếm hữu sức mạnh của cậu. Sau đó, Orochimaru lợi dụng làng Cát để tấn công làng Lá. Cuối cùng, tứ quái làng Âm Thanh đã tới làng Lá để mang Sasuke đi.
2. Akatsuki
Dù chỉ có chục thành viên nhưng sức ảnh hưởng và tầm ảnh hưởng của tổ chức Akatsuki đã rộng khắp toàn cầu, nổi tiếng với những vụ ám sát, đánh bom, bắt cóc đòi tiền chuộc, buôn bán vũ khí… và ẩn dấu nhiều bí mật khủng khiếp. Ngoài ra, Akatsuki (và gián tiếp là làng Âm Thanh thông qua Kabuto) là tổ chức đã châm ngòi cho cuộc chiến tranh thế giới Ninja lần thứ tư.
3. Anbu Root
Anbu Root là 1 tổ chức thần bí, nhận lệnh trực tiếp từ Hokage đệ lục "hụt" - Danzo, chuyên thực hiện các nhiệm vụ cực kì bí mật.
Các thành viên của Root được huấn luyện để từ bỏ mọi hình thức của cảm xúc để tuân theo mọi mệnh lệnh của Danzo mà không cần thắc mắc. Các thành viên của Root cũng có một phong ấn trên lưỡi của họ để ngăn chặn họ nói ra các thông tin về Danzo hay Root. Phong ấn này đảm bảo nếu họ rời bỏ tổ chức hay bị bắt thì các thông tin về Root sẽ không bị tiết lộ. Trong suốt cuộc tấn công của Pain vào Konoha, Danzo đã ra lệnh cho Root không được trợ giúp làng trong việc phòng thủ.
Đáng nói hơn, Anbu Root đã tham gia vào nhiều tội ác như giúp đỡ các thí nghiệm của Orochimaru, những việc liên quan đến vụ thảm sát gia tộc Uchiha và nhiều tội ác khác.
4. Otsutsuki
Gia tộc Otsutsuki là một gia tộc cổ đại xuất phát từ một thế giới khác, họ đến Trái Đất cách đây khoảng 1000 năm trước. Chúng ta vẫn chưa biết nhiều về nguồn gốc của gia tộc này, chỉ biết Otsutsuki có ảnh hưởng rất lớn và lâu dài đối với nhân loại, Kaguya Otsutsuki chính là thủy tổ của chakra, khởi đầu lịch sử của shinobi. Vì thế các thành viên của gia tộc này luôn tự xưng mình là các vị thần, họ luôn coi con người và những thứ khác chỉ là sinh vật hạ đẳng.
Gia tộc Otsutsuki đã du hành khắp các chiều không gian để tìm kiếm thần thụ, họ sẽ ăn trái của cây thần để nắm lấy chakra nhằm có được sức mạnh và kéo dài tuổi thọ. Đặc biệt các tộc nhân thuộc gia tộc này đều sở hữu đôi mắt Byakugan giúp họ có tầm nhìn 360° và khả năng nhìn thấy hệ thống luân chuyển chakra của bất kỳ ai cùng một số kỹ năng khác.
Trong series Boruto, các thành viên Otsutsuki thường xuất hiện với tư cách là nhân vật phản diện.
5. Tên cướp Mujina
Trong Boruto chap 13, băng cướp Mujina đã bắt cóc Madoka Tentou - con trai của Lãnh chúa Hỏa Quốc Madoka Ikkyu, nhằm ép ngài thả toàn bộ số tội phạm trong lâu đài Hoozuki và số tiền chuộc là… 5 trăm triệu ryo. Đây được coi là 1 gia tài vô cùng khổng lồ.
Băng cướp Mujina có phong cách hoạt động tương tự như Akatsuki, là một nhóm độc ác bao gồm các ninja đào tẩu từ nhiều làng khác nhau, nhưng không mạnh bằng Akatsuki. Nhóm này do Shojoji dẫn đầu.
6. Băng đảng Byakuya
Byakuya Gang ban đầu là một nhóm giống như Robin Hood. Họ đánh cắp chiếc mặt nạ đặc trưng của loài cú từ người giàu và đưa cho người nghèo. Tuy nhiên, dưới sự lãnh đạo của Gekko, nhóm này đã đi vào con đường sai trái và chỉ trộm cắp để vơ vét của cải cho cá nhân.
7. Kara
Kara là một tổ chức mới được giới thiệu trong series Boruto và nguy hiểm không thua kém gì Akatsuki. Tổ chức Kara được chia ra thành hai nhóm hoạt động, nhóm nội bộ và nhóm ngoại bang. Nhóm nội bộ là các cấp lãnh đạo và ngoại bang là những kẻ hành động cho Kara.
Những thành viên Kara tự gọi mình là một Kusa (Nhẫn Giả). Tuy nhiên, Kusa không hoàn toàn giống như một Shinobi mà chúng ta biết qua truyện Naruto. Theo ghi chép của văn hóa Nhật bản thì Kusa là những chiến binh sinh ra từ thiên nhiên và ẩn mình trong tự nhiên, thông thạo sức mạnh của Goton no Jutsu (sức mạnh của 5 nguyên tố cơ bản).
Mục đích thực sự của nhóm này vẫn còn bí ẩn, nhưng theo tiết lộ từ Amado thì Jigen / Isshiki Otsutsuki - thủ lĩnh của Kara muốn trồng Thần Thụ.