Naruto gần như bị gạt ra ngoài trong manga Boruto: Naruto Next Generations, nhưng có vẻ như anh ấy sẽ trở lại mạnh mẽ trong thời gian tới. Dù rất hào hứng nhưng cũng có người lo lắng rằng điều này có thể làm xáo trộn câu chuyện.
Trong chương 6 của Boruto: Two Blue Vortex, một nhân vật phản diện mới đã xuất hiện ở cuối chương. Trước đó, chúng ta được biết Naruto là một trong những mục tiêu của nhóm phản diện liên quan đến Thần thụ - Shinju. Jura - người đứng đầu nhóm đang cố gắng tìm cách đến không gian nơi Naruto và Hinata bị Kawaki nhốt bằng kỹ thuật Daikokuten.
Nhóm phản diện mới rất quyết tâm thực hiện điều đó nên bạn có thể hy vọng Naruto sẽ được giải thoát khỏi chiều không gian này.
Chương 6 đã thể hiện rất nhiều cảnh chiến đấu giữa Boruto và Mitsuki. Mặc dù có nhiều cảnh hành động nhưng lại khiến người xem trân trọng tình cảm của Mitsuki và thấy Boruto trưởng thành như thế nào. Nhưng cuối cùng, câu chuyện lại chuyển sang nơi ẩn náu của kẻ ác.
Jura và Hidari đang ở trong thư viện hòng cố gắng tìm cách tiếp cận Naruto. Hắn bực bội vì càng đọc, nghi ngờ càng xuất hiện mà hắn không tìm được cách tìm ra Naruto. Cuối cùng Jura bỏ cuộc, tự hỏi liệu bản thân có thể đạt được mục tiêu của mình hay không.
Jura muốn tìm Naruto chỉ để có được sức mạnh của cậu ấy. Nếu thành công, cơ hội sống sót của Hokage đệ thất rất mong manh. Jura rất mạnh, có lẽ còn hơn cả Ishikki, còn Naruto thì không thể sử dụng charka của Kurama.
Sau khi sử dụng trạng thái Baryon, Naruto trở nên mạnh mẽ hơn trong một thời gian và đánh bại được Ishikki, nhưng điều này khiến Kurama phải trả giá bằng mạng sống. Bây giờ, Naruto vẫn có thể dùng Chế độ Tiên nhân và các kỹ thuật khác, nhưng khi chống lại kẻ thù cấp Otsutsuki, chúng không hiệu quả bằng chakra của Kurama.
Boruto và Kawaki là những người duy nhất có thể ngăn cản Jura. Họ yêu quý Naruto và nếu biết được kế hoạch của Jura, họ chắc chắn sẽ cùng nhau bảo vệ cha mình. Dù người hâm mộ có thể vui mừng với khả năng Naruto trở lại, nhưng tốt hơn hết là đừng tạo ra quá nhiều kỳ vọng, bởi cậu ấy không còn mạnh mẽ như trước nữa. Nhưng đó thực sự là một điều tốt, vì nó giúp Boruto và Kawaki tỏa sáng trong Boruto: Two Blue Vortex.