Naruto là một trong số những loạt phim hoành tráng nhất trong lịch sử anime, nhưng cũng vì vậy mà nó không ít plot hole khá nghiêm trọng. Từ kế hoạch của phản diện không có ý nghĩa lớn lao nào cho đến những chi tiết về cuộc đời các nhân vật chủ chốt. Nhiều fan khó có thể làm ngơ trước plot hole của Naruto.
1. Tại sao Hashirama & Tobirama hết chakra?
Các shinobi chuyển sinh được cho là có chakra không giới hạn. Lý do tại sao thì không rõ, nhưng luật canon đã được đặt ra như vậy. Thế mà sau đó Hashirama và Tobirama vẫn hết chakra như thường. Có thể thiết lập cho các cựu hokage tung hết sức mạnh thì Naruto và Sasuke sẽ khó thể hiện các kỹ năng của họ, nhưng chí ít không nên tuyên bố rằng các shinobi chuyển sinh không bao giờ cạn kiệt chakra.
2. Tại sao ai cũng bằng tuổi Naruto?
Ở thời điểm bắt đầu series, khán giả đều biết Naruto thi trượt tốt nghiệp Học viện Ninja ba lần. Dù các thức hoạt động của học viện không được lý giải chính xác, nhưng theo logic thường Naruto sẽ phải học lại một năm. Thế nhưng, điều khó hiểu là Naruto lại bằng tuổi với những người không phải học lại như Sasuke và Sakura.
3. Không ai biết gì về thân thế hiển hách của Naruto?
Naruto là con trai của Minato Namikaze, thủ lĩnh làng Konoha lúc bấy giờ. Minato là gương mặt nổi bật không chỉ trong làng mà còn trên khắp đất nước.
Còn mẹ của Naruto, Kushina Uzumaki, chẳng những là hậu duệ của một clan lâu đời và quyền lực tại Konoha mà còn còn có một con cáo chin đuôi bị phong ấn trên người. Thế thì thật không hợp lý khi Naruto chẳng được ai biết đến cũng như không ai "vô tình" nhắc đến cha mẹ cậu.
4. Điều gì đã xảy ra với khả năng chữa lành của Naruto?
Sau khi Madara lột bỏ sharingan ra khỏi mặt Kakashi, Naruto bỗng nhiên có thể chữa lành vết thương. Cậu tuyên bố rằng mình có thể chữa những vết thương nhỏ.
Nhưng bị móc nhãn cầu không phải một vết thương nhỏ. Điều kỳ lạ hơn là rõ ràng khả năng chữa lành có tồn tại trong thế giới của Naruto, thế nhưng cậu ta lại không bao giờ thể hiện năng lực đặc biệt này. Tất nhiên, nhiều người có thể lý giải biến hình thành Yang giúp Naruto có thêm năng lực, nhưng nếu vậy tại sao cậu không sử dụng nó thêm lần nào nữa?
5. Tại sao Madara không tấn công Naruto và Sasuke trong khi ở dưới Tsukuyomi Vĩnh Cửu?
Khi Madara thi triển thành công Tsukuyomi Vĩnh Cửu, ông ta đã đưa mọi người trên Trái Đất vào trạng thái cực kỳ dễ bị tổn thương – vì tâm trí họ đã lạc trong ảo mộng.
Madara có thể ngạo mạn nhưng ông ta không phải kẻ ngốc. Chẳng có lý do gì đủ thuyết phục để Madara không lợi dụng cơ hội này và loại bỏ những người có khả năng đe dọa mình. Ngay cả khi chưa nắm rõ khả năng của Naruto, ông ta chắc hẳn cũng sẽ không đánh giá thấp hậu duệ của mình. Rõ ràng việc Madara bỏ qua cơ hội này là plot hole theo kiểu "đạo diễn bảo thế".
Công bằng mà nói Kishimoto đã sáng tác Naruto từ năm 1999 đến năm 2014, series kết thúc với độ dài hơn 700 chương. Thế nên cũng thật khó trách khi bộ truyện thiếu đi tính chặt chẽ ở một số tình tiết. Bên cạnh đó, anime chuyển thể vì nhiều lý do cũng đã tự tạo ra thêm các plot hole vốn không có trong nguyên tác.