Chương 1: Đánh bom lò phản ứng Mako số 1
Câu chuyện bắt đầu với hình ảnh hoành tráng của thành phố công nghiệp Midgar với hàng loạt ống khói chọc trời từ các lò phản ứng Mako. Vào ban đêm trong một con hẻm nhỏ tối tăm, cô gái bán hoa Aerith Gainsborough đang ngồi cảm nhận từng nguồn năng lượng màu xanh thoát ra từ đường ống bị vỡ. Tuy nhiên chưa kịp hiểu cô là ai đây là đâu thì người ta đã bị chuyển sang cảnh Cloud Strife cùng các thành viên của nhóm phiến loạn Avalanche đột nhập vào lò phản ứng Mako No.1 thông qua một toa xe lửa chở hàng. Các thành viên Avalanche tham gia vào cuộc đánh bom lò phản ứng Mako gồm Jessie Rasberry, Biggs và Wedge, tất cả được chỉ huy bởi Barret Wallace, một gã cộc cằn thô lỗ thích đứng trên phạm trù đạo đức để chỉ trích khi người khác tỏ ra không quan tâm đến việc tập đoàn Shinra đang hủy hoại môi trường.
Cloud là một cựu thành viên của SOLDIER nhưng giờ anh ta chỉ nhận làm lính đánh thuê vì thế sau khi Barret giảng giải thật nhiều đạo lý, thứ duy nhất mà gã tóc nhọn quan tâm là tiền thuê cho công việc này. Trong quá trình hạ gục đám lính để tiến vào trung tâm của lò phản ứng, lần lượt Jessie, Biggs lẫn Wedge đều cố gắng nói chuyện để phóng thích thiện ý nhưng Cloud chỉ lạnh lùng trả lời nhát gừng đồng thời tỏ ra rất xa cách cũng như không quá ưa thích trò chuyện cùng người khác. Trong lúc này chúng ta cũng biết Cloud dường như đang bị điều gì đó trong quá khứ ám ảnh. Hắn thường xuyên bị những cơn đau đầu hành, thường nhìn thấy một người đàn ông với mái tóc dài màu trắng bạc hiện ra để nói những thứ khó hiểu (Sephiroth) cũng như thấy một ngôi làng nào đó có tháp nước cùng chiếc chong chóng gió (Nibelheim).
Thật ra vụ đột nhập lò phản ứng Mako của Avalanche không diễn ra bí mật như bọn họ tưởng tượng bởi thực tế ngay từ đầu tất cả hành vi đều bị camera giám sát của tập đoàn Shinra quan sát được tuy nhiên lão chủ tịch đang có âm mưu gì đó nên lệnh cho tên đội trưởng Heidegger chỉ theo dõi chứ không ra tay can thiệp. Trở lại với nhóm Avalanche, lúc này Barret lại bắt đầu bài thuyết giáo về việc nhóm ra tay phá hoại các công trình của tập đoàn Shinra nhằm mục đích bảo vệ Planet còn Cloud thì vẫn trong chế độ lạnh lùng khiến gã tức điên. Tại trung tâm của lò phản ứng, khi đặt quả bom, Cloud lại tiếp tục bị một cơn đau đầu hành hạ nhưng nhanh chóng trấn tĩnh lại. Đặt bom xong, Cloud và Barret bị cỗ máy Scorpion Sentinel chặn đường, buộc họ phải ra tay tiêu diệt nó. Trên đường trốn ra ngoài, Cloud có dịp anh hùng cứu mỹ nhân khi giúp Jessie đang bị tấm bê tông đè lên chân.
Hai anh chị có một chút thời gian chim chuột thả thính nhưng nó không kéo dài lâu bởi quả bom sẽ nổ tung trong gần 20 phút nữa. Họ vào thang máy để ra bên ngoài thì quả bom phát nổ nhưng khá buồn cười là sức công phá của nó chỉ đủ làm bung một miếng thép của cỗ máy. Tuy nhiên lò phản ứng Mako No.1 vẫn cứ bị sụp đổ vì chủ tịch Shinra đã hạ lệnh cho nhân viên kích hoạt các vũ khí hạng nặng phá hoại từ bên trong nhà máy. Hóa ra đây mới là mục đích chính của bọn họ khi biết Avalanche đột nhập ngay từ đầu nhưng chẳng thèm quan tâm chút nào. Trở lại thang máy, Barret có chút xấu hổ vì ông ta tỏ ra vô cùng căng thẳng còn chàng lính đánh thuê thì vẫn cứ bình chân như vại trong trong chế độ cool ngầu. Tiếp đó là đoạn phim cắt cảnh lò phản ứng phát nổ khiến cả khu vực lân cận đó cũng bị phá hủy nghiêm trọng.
Chương 2: Cuộc chạm trán định mệnh
Lúc ở trong đường hầm Barret có hỏi Jessie vì sao sức công phá của quả bom mạnh hơn dự kiến khi thấy những công trình đổ nát gần đó nhưng cô gái nhỏ cũng không rõ và nói mình chỉ làm theo đúng hướng dẫn trong sách. Đến lúc lên được khu thương mại của Sector 8, cả nhóm nghe loa phát thanh của Shinra Emergency Operator Center cảnh báo rằng khu vực dân cư xung quanh lò phản ứng Mako No.1 đã bị phá hoại nghiêm trọng, đồng thời tuyên bố trình trạng khẩn cấp tại Sector 1 và Sector 8. Khi họ nhìn thấy khung cảnh thành phố đổ nát ở xung quanh thì cả Jessie, Biggs và Wedge cảm thấy hối hận vì việc mình đã làm trong khi Barret lên tinh thần cho mọi người, rằng những việc họ làm là để bảo vệ Planet. Sau đó họ quyết định sẽ đến nhà ga của Sector 8 để bắt xe trở về căn cứ của Avalanche. Đi được một đoạn, Jessie ngăn Cloud lại để tặng anh ta một viên Healing Materia xem như quà cảm ơn vì lúc nãy đã giúp cô. (Thính lại bay đầy trời)
Đang chạy theo Jessie để đến ga xe lửa thì dư âm của vụ nổ khiến con đường bị sập xuống nên Cloud phải tìm hướng đi khác. Khi nhìn những tòa nhà đang bốc cháy, ảo ảnh về ngôi làng Nibelheim bị thiêu rụi lại xuất hiện cùng với Sephiroth. Lúc đối mặt với nhau Cloud nói với gã đầu bạc rằng điều này là không thể vì hắn đã chết rồi, chính tay anh ta đã giết hắn. Sephiroth chỉ trả lời đó là việc hồi xưa còn bây giờ là chuyện hiện tại. Sau đó hắn lại bắt đầu nói Planet đang chết dần chết mòn, hành tinh này đang cầu khẩn Sephiroth chuyển lời kêu cứu của nó đến Cloud. Sephiroth còn lảm nhảm một vài chuyện nhưng lúc này thanh niên đầu nhọn đã bắt đầu phát cáu nên rút kiếm ra chém. Trước khi biến đi hắn nhắn với Cloud rằng hãy cứ sống để giữ lấy sự thù hận trong lòng.
Bước ra khỏi con hẻm tối tăm, Cloud sẽ gặp Aerith đang loạng choạng như say rượu trên đường phố, hình như cô ta đang bị tấn công bởi thứ gì đó vô hình. Sephiroth cứ như âm hồn bất tán, hắn lại hiện ra để nói rằng Cloud quá yếu đuối, yếu đuối đến mức không cứu được ai, thậm chí là tự cứu bản thân cũng không được. Thật kỳ lạ khi Aerith đứng trước mặt thì con đau đầu của gã cựu SOLDIER ngay lập tức biến đi. Cô hỏi hắn có sao không và tặng cho Cloud một bông huệ tây màu vàng rất xinh đẹp. Nhưng đúng lúc này Aerith lại bắt đầu bị tấn công, Cloud bị cô ta chạm vào người và hắn đã có thể thấy rốt cục thứ gì đang tấn công cô gái bán hoa. Giờ thì họ bị bao vây bởi những bóng ma màu trắng xám nhưng ngoài Cloud và Aerith có lẽ không ai khác thấy được những con ma này. Rõ ràng là vậy bởi lúc đám Public Security của Shinra bao vây hai người chúng chỉ nói chuyện với Cloud chứ không quan tâm đến đám hồn mà đang bay lượn xung quanh.
Aerith bỏ chạy mất dạng, Cloud thì phải đánh nhau với bọn lính. Dù hạ được nhiều tên trong số đó nhưng lực lượng tiếp viện của Shinra quá đông khiến Cloud bị ép phải rút lui và cuối cùng hắn quyết định nhảy khỏi cây cầu xuống chiếc xe lửa đang chạy với tốc độ cao bên dưới. Trên xe lửa, sau cuộc trò chuyện ngắn, Cloud có hỏi mọi người về những bóng ma mà mình vừa đụng độ khi nãy. Jessie phỏng đoán có thể đó là vũ khí mới của Shinra nhưng Barret cho rằng Cloud chỉ bị hoảng loạn mà thôi. Cũng trên chuyến xe mọi người được nghe nhiều cuộc trò chuyện của cư dân thành phố Midgar và những nhân viên của tập đoàn Shinra. Hầu hết mọi người dân đều cho rằng hành vi của Avalanche là khủng bố và nó chẳng mang lại bất cứ thứ gì tốt đẹp ngoài sự phá hoại cũng như làm cho xã hội bị xáo trộn nghiêm trọng. Barret rất tức giận nên bắt đầu lên lớp bài học bảo vệ môi trường cho bọn họ nhưng chẳng được tích sự gì.
Chương 3: Khu ổ chuột thân thương
Khi xuống tàu tại nhà ga Sector7, Barret hẹn gặp Cloud tại quán bar 7th Heaven, nơi cô bạn cũ của gã cựu SOLDIER là Tifa Lockhart đang làm quản lý. Trên đường đến quán bar, Cloud gặp một cư dân đang chỉ trích nhóm Avalanche, một ảo ảnh nhỏ cùng những con ma lại xuất hiện nhưng có vẻ không ai có thể nhìn thấy chúng. Phía trước quán bar gã đầu nhọn thấy Tifa cùng cô nhóc Marlene – con gái nuôi của Barret, đang ngồi chờ. Lúc này hắn liền đem đóa hoa huệ tây vàng mà Aerith tặng mình ra để “sang tay” lại cho Tifa. Khi được cô bán rượu hỏi từ bao giờ mà một gã cục súc như Cloud lại biết mua hoa nịnh gái thì hắn chỉ đáp gọn lỏn 5 năm rồi, ai cũng sẽ khác. Xong vụ chào hỏi, Cloud muốn biết tiền công cho vụ hỗ trợ đột nhập của mình nhưng Tifa lại nói nên đi xem qua khu căn hộ gần đó, nơi tối nay hắn sẽ nghỉ lại rồi hẵng nói chuyện tiền nong sau.
Tại đây thay vì nhận được 2000 gil tiền công, cô bạn chỉ có thể trả cho gã lính đánh thuê có 500 gil. Tifa giải thích nhóm Avalanche đã chi gần hết để trả tiền mua sắm trang thiết bị cho phi vụ lần này nên hiện giờ chỉ có bấy nhiêu nhưng cô cũng hứa ngày mai sẽ đi lòng vòng gom tiền để trả hết cho Cloud. Trước khi đi ngủ Cloud nghe thấy âm thanh kỳ lạ ở căn phòng sát vách, đi qua đó để tìm hiểu xem có chuyện gì, hắn lại thấy Sephiroth xuất hiện. Trong lúc vật lộn hình ảnh chuyển sang những bóng người mặc áo trùm che kín mặt đang tiến về cùng một nơi, miệng thì cứ lẩm bẩm “Reunion”. Khi tỉnh lại, Cloud thấy một gã ăn mặc y như huyễn ảnh vừa nãy đang nằm sóng xoài dưới đất, tay áo bị rách của hắn lộ ra hình xăm con số 49. Tifa cho biết gã này tên Marco, hắn đã ở trọ được mấy hôm rồi, dù có hơi kỳ quái và ốm yếu nhưng Marco không làm hại ai cả.
Hôm sau lúc tỉnh giấc, Cloud xuống dưới để gặp Marle chủ của khu nhà trọ, bà ta cảnh cáo hắn muốn làm gì ở khu ổ chuột này cũng được nhưng dám nhòm ngó đến Tifa thì hãy liệu hồn bởi Marle coi cô gái bán rượu như cháu của mình vậy. Trở lại quán rượu gặp Tifa, cô nàng gài độ Cloud hãy giúp mình đi thay mấy tấm lọc nước cho các hàng quán tại đây để kiếm tiền. Cloud phản đối vì hắn ta là lính đánh thuê chứ không phải nhân viên kinh doanh nhưng Tifa nói đó là cách nhanh nhất để cô có thể gom tiền trả món nợ còn thiếu. Sau một hồi chống cự cuối cùng thanh niên đầu nhọn vẫn phải chịu thua và giúp cô đi chào bán mấy tấm lọc nước cho các chủ cửa hàng kinh doanh trong khu vực xung quanh. Thật ra trong khu ổ chuột của Sector 7 có nhiều thứ thú vị để khám phá hơn là người ta tưởng đặc biệt là gã thương gia Chadley. Sau khi giải quyết một vài chuyện ở đây, cả hai sẽ trở về quán bar 7th Heaven.
Barret muốn họp nhóm Avalanche nhưng không muốn Cloud tham gia nên hắn ta đành phải ngồi chờ tại quầy bar. Để an ủi ông bạn của mình Tifa đã làm cho Cloud một vài ly cocktail đặc biệt để nhâm nhi trong thời gian chờ nhóm phiến quân họp xong. Một lát sau Jessie đến, trong cuộc thả thính của hai anh chị cô ta mơ hồ nói rằng Tifa không thật sự hứng thú tham gia vào Avalanche. Ngồi chờ thêm một lúc, Tifa bước lên từ căn hầm bí mật, rõ ràng cô không được vui vẻ cho lắm và chúng ta sẽ biết tại sao. Tifa tán thành luận điểm của Barret về việc Shinra đang làm là nguy hại cho Planet nhưng cô không thích cái cách mà Avalanche đi đánh bom phá hoại ở khắp mọi nơi. Cả hội ngồi yên lặng và Barret tiến đến để thông báo họ không cần Cloud tham gia trong nhiệm vụ kế tiếp đồng thời mời gã lính đánh thuê hãy rời quán bar vì cần không gian riêng tư để nói chuyện công việc. Jessie cũng đến xin lỗi về chuyện này, cô thích có dân chuyên nghiệp hỗ trợ nhưng đây là quyết định của mọi người.
Đi ra ngoài quán bar, Cloud bị một đám du đãng vườn âm mưu trấn lột, sẵn đang tức giận vì bị bơ khỏi khỏi nhiệm vụ mới của Avalanche, hắn bèn ra tay dạy cho chúng một bài học sau đó trở về căn hộ để thấy nàng Jessie đang đứng chờ trước cửa. Lại một màn thả thính đầy chán ngán nhưng ít ra cũng đáng công trò chuyện vì sau đó Jess lại tặng cho gã lính đánh thuê viên Ifrit Materia quý hiếm. Tất nhiên để đáp lại món quà này Cloud cũng đồng ý tối nay sẽ đến gặp Jessie tại ga xe lửa của Sector 7.
- Cốt truyện Final Fantasy VII Remake – P.1: Âm mưu của Shinra và bóng ma Sephiroth