1. Thất Vũ Hải (One Piece) Thất Vũ Hải Hoàng Gia, gọi tắt là Thất Vũ Hải, cùng với "Tứ Hoàng" và "Hải Quân" là 3 thế lực mạnh nhất thế giới trong One Piece. Tổ chức này bao gồm 7 thành viên (đã giảm xuống còn 4 sau trận chiến ở Marine Ford), gồm những thuyền trưởng hải tặc đầy uy tiếng và sức mạnh trong thế giới One Piece, những người này đã liên kết, trở thành đồng minh với Chính Phủ Thế Giới (World Government).
2. Tổ chức Áo Đen (Detective Conan) Cái tên thực sự của tổ chức này đến nay vẫn không có ai biết. Đây là một tổ chức tội phạm vô cùng bí ẩn, trừ Boss ra, tất cả các thành viên của tổ chức đều có bí danh là tên của một loại rượu. Mục đích hoạt động thực sự của tổ chức cũng là một ẩn số lớn. Chỉ biết rằng đây là một tổ chức có thế lực vô cùng mạnh mẽ, hoạt động tinh vi và có năng lực đáng sợ, chúng sở hữu cả những loại thuốc độc như APTX4869 (loại thuốc làm Shinichi bị teo nhỏ), đến cả Conan và cảnh sát hay FBI cũng phải dè chừng Tổ chức Áo Đen.
3. Nhóm FFF (Baka to Test to Shoukanjuu) Đây là một tổ chức không chỗ nào là không có mặt. Đây là một tổ chức bí mật chuyên thẩm vấn được thành lập từ lớp F của học viện Fumizuki. Họ mặc trang phục là loại áo choàng trùm toàn thân màu đen, trên mũ trùm đầu có viết chữ F và cầm lưỡi hái trên tay. Thành viên của nhóm FFF đều là những nam sinh độc thân và dù có chuyện gì xảy ra thì họ vẫn luôn giữ vững một nguyên tắc: "Không phá hủy tình yêu thật sự".
4. Akatsuki (Naruto) Theo tiếng Nhật nghĩa là "Bình minh" hoặc "Rạng đông") là một tổ chức tội ác ở trong Naruto. Tổ chức Akatsuki được thành lập ra bởi một số nhân vật ninja siêu đẳng bậc nhất trong truyện, tất cả đều từng phạm nhiều tội ác và phản bội làng mình. Toàn bộ mục đích của Akatsuki là nhằm để thống trị thế giới.
5. Biệt đội hỏa tiễn (Pokemon) "Biệt đội hỏa tiễn" (Rocket Team) là một tổ chức phản diện trong Pokemon, bao gồm Jessie, James và Meowth. Mặc dù là những nhân vật phản diện trong anime nhưng họ cũng chính là những nhân vật phản diện được yêu thích nhất. Bộ ba này thường đi cùng với nhau để dễ bề thực hiện bắt Pikachu của cậu bé Ash (Satoshi). Trong xuyên suốt chuyến hành trình, bộ ba này đều luôn thất bại trong nhiệm vụ bắt Pokemo và bị thổi bay lên trời. Nhưng không vì điều đó mà làm bộ ba nản chí, họ vẫn tiếp tục đưa ra những kế hoạch vui nhộn và chả ai nghĩ tới để bắt Pikachu. Dù vậy, họ không thực sự là kẻ xấu mà chỉ vì hoàn cảnh xô đẩy và cũng có những lúc bộ ba cùng hợp tác với nhóm của Ash (Satoshi).