Anime dường như là mảnh đất màu mỡ cho thể loại game chiến thuật tổng hợp. Những trận chiến không gian hoành tráng của Mobile Suit Gundam có thể được lấy trực tiếp từ Stellaris. Sự pha trộn giữa mưu đồ chính trị và đấu tranh trên chiến trường khiến Legend of the Galactic Heroes như một Crusader Kings ngoài không gian.

Đó là chưa kể đến số lượng lớn các thể loại sử thi samurai (hoạt hình và các thể loại khác) mà các trò chơi như Total War: Shogun đã lấy cảm hứng. Tuy nhiên, các trò chơi chiến thuật tổng hợp anime lại rất hiếm. The Great Villainess: Strategy of Lily lấy ý tưởng từ những game chiến thuật hoành tráng lẫn những game nhập vai đỉnh cao, tạo nên một sự pha trộn hoàn toàn khác biệt so với bất kỳ tựa game nào người chơi từng thấy trước đây.
Giống như Total War, The Great Villainess được chia thành các trận chiến trên mặt đất và màn hình bản đồ, nơi bạn điều khiển chiến lược tổng thể của mình. Bạn vào vai nam tước Scarlet, bị buộc tội oan là đã ám sát hoàng đế.

Với sự giúp đỡ của người bạn Lily và chiếc thuyền hơi nước mà cô ấy điều khiển, bạn thoát khỏi cuộc hành quyết và bắt đầu lên kế hoạch chiến đấu chống lại các thế lực đã làm hại mình. Lực lượng của bạn bắt đầu nhỏ và rời rạc, nhưng phi thuyền cho phép họ nhanh chóng rút lui và tấn công.

Bản đồ được tạo thành từ các tuyến đường tiếp tế và tiền đồn, cắt đứt các tuyến đường tiếp tế của kẻ thù có thể khiến lực lượng của chúng dễ bị tổn thương trước người chơi , nhưng việc phân tán quân đội mỏng có thể giúp kẻ thù phá hủy các tuyến đường tiếp tế của chính bạn. Tương tự như các trò chơi chiến lược vĩ đại hay nhất, bạn sẽ cần xem xét tình hình cẩn thận trước khi hành động.

Người chơi sẽ thắng bằng cách bắt hoặc tiêu diệt tướng địch, việc bắt giữ họ sẽ cho phép họ tham gia cùng bạn trong trận chiến, bổ sung năng lực cho trận chiến. Giống như Fire Emblem, việc để các nhân vật chiến đấu cùng nhau sẽ tăng chỉ số và kỹ năng của họ. Mặt khác, tiêu diệt tướng địch sẽ đẩy Lily và Scarlet lên thành kẻ phản diện thật sự, tăng cường khả năng chiến đấu của họ. Những quyết định chiến thuật này cũng sẽ ảnh hưởng đến kết quả của câu chuyện.