Người chơi Watch Dogs: Legion đang báo cáo một vấn đề khá lớn kiên quan đến hệ thống lưu tiến trình chơi trên subreddit của Watch Dogs và diễn đàn Ubisoft: dữ liệu lưu sẽ bị xóa khi người chơi thoát trò chơi không đúng cách. Vì trò chơi chỉ có một điểm lưu duy nhất và không có tùy chọn lưu thủ công, do đó người chơi có thể mất hàng giờ, thậm chí là toàn bộ tiến trình chơi. Ubisoft cho biết họ đã nhận thức được vấn đề và đang tiến hành sửa chữa, nhưng người chơi có thể sẽ phải chờ đến đầu tuần sau. Đại diện của Ubisoft đã trả lời trong email rằng: "Chúng tôi biết một số người chơi đang gặp khó khăn và đang tìm cách giải quyết những vấn đề này trong bản vá sắp tới phát hành vào ngày 9 tháng 11. Chúng tôi sẽ chia sẻ thêm thông tin về nội dung của bản vá trong những ngày tới."
Một trong những vấn đề cốt lõi, được phân tích chi tiết trong bài đăng trên diễn đàn Ubisoft, đó là việc lưu khi thoát đôi khi mất nhiều thời gian khiến trò chơi như bị treo, dẫn đến trường hợp một số người chơi phải sử dụng alt-F4 để tắt game, khiến quá trình lưu bị gián đoạn. Ngoài ra, thời lượng lưu tiến trình cũng không giống nhau. Một số người chơi cho biết quá trình lưu sẽ kết thúc trong năm phút hoặc lâu hơn, nhưng redditor Smoothjazz666 cho biết mình đã cố gắng đợi cho đến khi quá trình này kết thúc và thậm chí đã dắt chó đi dạo trong thời gian chờ, nhưng game vẫn bị kẹt sau khi quay lại. Redditor Natanaeltedja đã chia sẻ một cách giải quyết toàn diện hơn đó là tắt dịch vụ đám mây, khởi động Ubisoft Connect ở chế độ ngoại tuyến và đặt app affinity của Watch Dogs: Legion thành một core duy nhất. Cụ thể là khi trò chơi đang chạy, hãy mở thanh tác vụ Windows, chọn "Details", nhấp chuột phải vào Legion và chọn tùy chọn "Set affinity". Sau khi chọn một core đơn (không phải CPU 0), hãy quay lại trò chơi và thoát ra menu chính - sau một thời gian tạm dừng, trò chơi sẽ thoát bình thường.