Những tổ chức xuất hiện trong các tác phẩm anime đều có màu sắc riêng biệt, hoạt động theo một quy tắc chung và có mục đích riêng để chinh phục. Hầu hết họ đều có tạo hình độc đáo, sở hữu sức mạnh với những năng lực đặc biệt, mỗi nhân vật trong tổ chức đều có quá khứ và cuộc đời đầy biến động với những bí mật riêng. Khán giả dường như cảm nhận, thấu hiểu được quan niệm, triết lý đầy tính nhân sinh trong cách thức hoạt động và mục tiêu mà mỗi tổ chức muốn truyền tải.
Dưới đây là 5 tổ chức nổi tiếng và đình đám nhất mà chỉ cần nghe danh thôi là người hâm mộ đã biết là ai rồi.
1. Thất Vũ Hải (One Piece)
Thất Vũ Hải (Shichibukai) là một tổ chức hùng mạnh và quyền lực; họ cùng với "Tứ Hoàng" và "Hải Quân" tạo nên ba thế lực mạnh nhất thế giới trong One Piece. Tổ chức này gồm những thuyền trưởng, hải tặc đầy danh tiếng, sở hữu sức mạnh khủng khiếp với năng lực Trái Ác Quỷ cùng khả năng biến hóa khôn lường khiến đối phương phải sợ hãi. Như Râu Đen khiến người khác bị hút ngược về phía hắn, Kuma có thể đánh đối thủ bay xa hay Hancook biến đối thủ trở thành đá.
Đa số Thất Vũ Hải đều từng là cựu binh hải tặc từ Tân Thế Giới, một số họ đã giao chiến với Tứ Hoàng. Do lòng kiêu hãnh nên mối quan hệ giữa các thành viên ít có sự tôn trọng và giúp đỡ lẫn nhau. Họ nằm trong pháp luật nên có thể kinh doanh kiếm tiền và săn tiền thưởng, vì thế nhóm bị gọi là "Những con chó của Chính phủ". Thất Vũ Hải tồn tại trong sự đề phòng của Hải quân và sự xem thường hay khiếp sợ của Hải Tặc.
2. Tổ chức Áo Đen (Thám Tử Lừng Danh Conan)
Bước vào thế giới trinh thám của Conan, không một fan nào là không biết đến sự tồn tại, hiện diện của Tổ chức Áo Đen. Đây là một tổ chức tội phạm bí ẩn, xuất hiện với dạng phục trang đen tối, trừ ông trùm ra thì tất cả các thành viên trong tổ chức đều có bí danh là một loại rượu.
Kẻ nguy hiểm và nổi tiếng nhất trong băng đảng này là Gin, người đã cho Shinichi Kudo uống độc dược teo nhỏ. Đi bên cạnh hắn là Vodka, cánh tay phải đắc lực với thân hình to lớn. Sherry, người thường được biết đến với cái tên Haibara Ai, cũng là thành viên của tổ chức. Đây là 3 nhân vật "áo đen" được biết đến nhiều nhất trong bộ anime này.
Số thành viên lộ diện của tổ chức này sẽ còn tăng lên, với thân thế và hành động bí hiểm mà kẻ đứng đầu vẫn là một ẩn số. Với thế lực mạnh mẽ, hoạt động tinh vi và sở hữu những loại thuốc độc nguy hiểm như APTX4869, băng đảng này chính là nỗi khiếp sợ của chính phủ và cảnh sát, khiến Conan phải dè chừng và đau đầu truy đuổi theo hoạt động "xuất quỷ nhập thần" của chúng.
3. Espada (Bleach)
Espada trong tiếng Nhật nghĩa là Mười thanh đao. Đây là một tổ chức gồm các Arrancar (nghĩa là những Hollow đã phá bỏ được mặt nạ và có được sức mạnh như Shinigami) được chỉ huy bởi Sosuke Aizen với các thành viên là 9 nam và 1 nữ. Những kẻ trong Espada đều có năng lực và sức mạnh vượt trội, họ là lực lượng đối đầu với các chiến binh chính trong truyện. Tùy theo sức mạnh, mỗi thành viên sẽ được đánh dấu từ số 1 đến 10 để nhận diện cấp bậc và quyền lực, mỗi chữ số được xăm trên các bộ phận cơ thể của họ.
Thập đạo quân dưới sự dẫn dắt của Aizen là sự nguy hiểm, gieo rắc nỗi kinh hoàng đối với Gotei 13. Mỗi thành viên đều có nét cá tính riêng biệt, hiếu chiến và tạo nên một băng đảng chống phá thế giới linh hồn, viết nên biên niên sử hùng tráng về chiến tranh giữa các Shinigami. Espada xuất hiện và khiến tác phẩm Bleach hấp dẫn hơn với những trận chiến ác liệt, cuộc chiến thiện ác trở nên sinh động, ý nghĩa và giàu cảm xúc hơn.
4. Akatsuki (Naruto)
Akatsuki (theo tiếng Nhật nghĩa là Bình Minh) là một tổ chức khủng bố nguy hiểm nhất mọi thời đại trong thế giới ninja của Naruto. Xuất hiện bí ẩn, hành vi nguy hiểm với những thành phần bất hảo, độc nhất vô nhị về tài năng lẫn tội ác, Akatsuki là cơn ác mộng đối với mọi làng ninja, đặc biệt là làng Lá. Mỗi thành viên trong tổ chức là những tội phạm bị truy nã cấp S, thuộc hạng ninja máu mặt, sở hữu năng lực thượng thừa và ẩn chứa một quá khứ với nhiều bí mật khủng khiếp.
Akatsuki được thành lập bởi Yahiko, Konan và Nagato trong thời kỳ chiến tranh thế giới ninja thứ 3. Mục đích ban đầu đơn giản chỉ là xây dựng nền hòa bình cho làng Mưa nhưng trước âm mưu của Danzo dẫn đến cái chết bi kịch của Yahiko và sự xúi giục của Tobi, Nagato đã sử dụng xác của Yahiko để cho ra đời Pain. Kể từ đây, chủ nghĩa khủng bố Akatsuki bắt đầu với một kỷ nguyên của giết chóc và chiến tranh.
Đồng phục của tổ chức là một chiếc áo khoác dài màu đen với những đám mây đỏ, băng ninja là biểu tượng ngôi làng mỗi thành viên xuất thân kèm theo một vạch ngang. Mỗi người sẽ đeo một chiến nhẫn khắc chữ Kanji có màu sắc khác nhau, biểu tượng vị trí của họ. Hoạt động của Akatsuki thường đi theo cặp với mục tiêu là thu thập vĩ thú để tạo nên thứ vũ khí kinh khủng nhằm bá chủ thế giới ninja.
Giai thoại, lịch sử và những câu chuyện liên quan đến Akatsuki vẫn là điều bí ẩn mà bất cứ ai dõi theo tác phẩm Naruto cũng đều mê đắm, tò mò tìm hiểu xem sự thật kinh hoàng gì mà tổ chức này đang che giấu trong bóng tối.
5. Genei Ryodan (Hunter x Hunter)
Genei Ryodan là một băng cướp khét tiếng, gieo rắc cái chết và sự sợ hãi tột cùng cho chính quyền trong Hunter x Hunter. Chúng gồm 13 tên đạo tặc với hình xăm con nhện kèm chữ số trên lưng, xuất thân tại Phố Sao Băng – khu ổ chuột bị thế giới quên lãng. Chúng hoạt động tự do, làm những gì mình muốn không có quy tắc hay sự đàn áp; cướp giật, giết người, tàn phá nhưng luôn xả thân bảo vệ quê hương của chính mình.
Lãnh đạo nhóm là Chrollo Lucilfer. Mỗi người trong nhóm đều tôn trọng, trung thành với Bang chủ và luôn thản nhiên đón nhận cái chết, hy sinh vì lợi ích chung của nhóm. Mỗi thành viên đều có tính cách, năng lực riêng biệt với quan niệm sống rất "đời". Họ hoạt động tinh vi với những phi vụ cướp bóc chớp nhoáng, những vụ ám sát đẫm máu. Genei Ryodan là những bóng ma vô hình trong một "ổ nhện" khiến thế giới phải run mình khiếp sợ và công nhận sự tồn tại của nhóm.