Sau khi Penitent One, hay còn được gọi là kẻ sám hối, tiêu diệt thực thể tối cao The High Will và kết thúc sự đau khổ mà The Miracle mang lại cho người dân. Việc những thứ do The Miracle tạo ra đều lần lượt biến mất chứng tỏ rằng sự khổ đau do phép màu mang lại đã hoàn toàn tan biến khỏi Cvstodia. Điều này cũng đồng nghĩa với việc Penitent, người được hồi sinh bởi phép màu cũng sẽ qua đời.
Việc vui kéo dài không lâu, sau một thời gian, The Miracle lại diễn ra lần nữa khi trên bầu trời bỗng xuất hiện một trái tim đang đập với hình ảnh một người đàn ông màu đỏ nằm co ro bên trong. Lúc này Penitent One tỉnh dậy sau một giấc ngủ dài và bắt đầu cuộc hành trình tìm hiểu tại sao mình lại được tái sinh.
Bước ra khỏi quan tài, anh nhìn thấy 3 bức tượng cầm vũ khí được đặt sẵn gần đó cho anh lựa chọn, như thể hiện ngày anh trở lại chắc chắn xảy ra. Sau khi đi ra khỏi nơi an nghỉ của bản thân thì điều chờ đón anh lại là một kẻ vô diện sẵn sàng ngăn cản anh tiến bước xa hơn. Với những kinh nghiệm chiến đấu từ trước, anh dễ dàng né tránh và hạ sát đối thủ khiến hắn không kịp trở tay.
Bỗng nhiên, tia sáng chói lóa chiếu lên chiếc mặt nạ của Penitent, một vị thánh hạ phàm và bắt đầu giới thiệu bản thân tên là Anunciada tới từ Thiên đường nơi ngự trị trên cao, với sứ mệnh làm người dẫn đường cũng như sẽ ghi chép về những cuộc chiến của anh vào trang giấy vĩnh cửu. Giờ đây, The Miracle đang chuẩn bị sinh ra một đứa trẻ trong trái tim vĩ đại; từ trên những đám mây giáng xuống thành phố cổ The ancient City of the Blessed name.
Nhiệm vụ của anh là phải đến được chỗ trái tim và tiêu diệt nó trước khi đứa trẻ được sinh ra. Trên đường đi anh sẽ bị ngăn cản bởi những kẻ sám hối thuộc hội brotherhood cùng những con quái vật khác do The Miracle đem tới để bảo vệ đứa trẻ. Anunciada cũng cho biết thêm, để tới được chỗ trái tim, đầu tiên, kẻ sám hối cần phải khám phá được 3 mảnh "Sự hối tiếc" mà The Miracle đã gieo vào lương tâm của 3 người bảo vệ, lúc đó tòa thành sẽ hạ xuống cho anh bước lên.
Nghe theo sự chỉ dẫn của Anunciada, Penitent bắt đầu cuộc hành trình của mình. Bên dưới thành phố cổ The ancient City of the Blessed name, anh gặp được một cô gái bí ẩn với tên gọi Yerma đang trên đường tìm kiếm sự trả thù. Nhận ra anh không phải là kẻ mà mình tìm kiếm, Yerma sợ rằng sự hận thù sẽ che mờ lý trí, nên đã bỏ đi ngay lập tức, để lại kẻ sám hối đứng một mình.
Penitent lại tiếp tục lên đường tới khu vực Sacred Entombments để tìm kiếm "Sự hối tiếc" thứ nhất . Anh tìm đường đi xuống nơi sâu nhất được đánh dấu trên bản đồ, tại đây anh gặp lại Yerma đang ngồi trước một căn phòng như thể đang chờ đợi anh. Sau khi trò chuyện với nhau, Yerma liền hỏi liệu cô ấy có thể hỗ trợ Penitent trên chuyến hành trình tiêu diệt The Miracle không?
Khi được anh ta đồng ý, cả 2 bắt đầu bước vào cuộc chiến với một bộ xương khô có tên là Great Preceptor Radames. Với sự hỗ trợ của Yerma, Kẻ sám hối nhanh chóng tiêu diệt được Radames và bước vào bên trong mộng giới, nơi chứa đựng "Sự hối tiếc" thứ nhất. Tại đây, Penitent nhìn thấy hình dáng thật sự của Radames và cũng biết được quá khứ của ông ấy.
Radames kể rằng trước đây ông ấy là một vị linh mục đáng kính và đã dành cả cuộc đời của mình để lắng nghe những lời thú tội của biết bao nhiêu người. Ngay cả sau khi chết, ông ấy vẫn có thể nghe thấy những giọng nói đó tồn tại bên trong ông, khiến ông đau đớn mỗi ngày. Cho đến khi The Miracle xuất hiện và ban phước lành cho ông , đổi lại ông phải canh giữ "Sự hối tiếc" của nó và chờ đợi Penitent đến để tiễn ông đi tới thế giới bên kia.
Trở lại với thực tại, Penitent nhìn thấy Radames giờ đã tan biến vào hư không, còn Yerma đã bỏ đi lúc nào không hay. Anh tiếp tục lên đường đi tìm những "Sự hối tiếc" còn lại. Tới được Manor of the Embroideries, anh gặp được một nữ Penitent thuộc Brotherhood khác. Cô ta có sở thích quái dị khi luôn săn lùng và xử lý hết những ai bước vào nơi đây để thỏa mãn thú vui.
Sau khi chật vật tiêu diệt được kẻ địch, Penitent bước vào bên trong mộng giới và nhìn thấy được hình dáng thật sự của cô ta và lấy đi "Sự hối tiếc" thứ 2 mà cô ấy nắm giữ. Tiếp tục lên đường, Penitent tới được khu vực tháp chuông Crown of Towers nơi chứa đựng "Sự hối tiếc" thứ 3. Tại đây anh gặp được Lesmes, Incorrupt Sacristan, cũng là một người thuộc tổ chức brotherhood. Sau khi đánh bại Lesmes, Penitent bước vào bên trong mộng giới và biết được quá khứ và sự dày vò mà ông ấy phải gánh chịu.
Lesmes trước đây là một kẻ tử vì đạo và chống đối lại nhà thờ, sau khi bị chém đầu thì không may một cô bé lại đem đầu của ông ấy tới tháp chuông để chứa những di vật cũ. Lúc này phép màu xảy ra khiến đầu ông ấy sống lại và được gắn vào phần bụng của cơ thể kim loại để luôn duy trì sự sống. Nhờ thế Miracle đã thành công biến Lesmes trở thành một con rối dưới trướng của mình mặc dù ông ấy không muốn điều này.
Chúng ta cũng biết trong tên của Lesmes có từ Incorrupt Sacristan nên có thể liên quan đến sự liêm khiết, đó là niềm tin về việc, xác chết của một số người không bị phân hủy do lòng sùng kính to lớn và thánh thiện của họ đối với Chúa, và Lesmus thuộc loại liêm khiết nhờ phép lạ. Điều này cho thấy sự hấp dẫn của cốt truyện và đồng thời thể hiện phép màu đã trở nên độc hại như thế nào khi nó đang làm điều tương tự như phần 1.
Sau khi Lesmes kết thúc câu chuyện của mình và đưa cho Penitent "Sự hối tiếc" thứ 3, chúng ta giờ đây đã có một bức tranh hoàn chỉnh về những gì đã xảy ra với những người bảo vệ. 3 người bảo vệ có hình ảnh lần lượt là người cha, người mẹ và người đỡ đẻ. Cách đây rất lâu, một cặp vợ chồng muốn có con nhưng vì bị vô sinh nên đã buồn bã, cầu nguyện đủ điều chỉ để có được một người con nhưng lại không thành công.
Cho đến khi The Miracle nghe thấy lời cầu xin của họ và ban phép màu giúp cặp vợ chồng sinh ra một cậu bé khỏe mạnh. Không may trong lúc sinh, cậu bé đột nhiên sử dụng sức mạnh làm lây lan bệnh dịch khiến người mẹ chết đi và biến đổi con người khắp nơi thành những con quái vật gớm ghiếc.
Tiếp tục câu chuyện, giờ đây Penitent đã thu thập đủ 3 "Sự hối tiếc", lúc này 3 bức tượng người bảo vệ nâng đỡ ngôi đền bắt đầu hạ xuống cho anh đi lên. Bỗng nhiên Anunciada, người chỉ đường cho Penitent hiện ra và nói rằng, để có thể đi đến thánh địa ở phía trên cao, anh cần phải trở lại nơi mọi thứ bắt đầu, nhà thờ Mother of Mothers
Nghe theo sự chỉ dẫn của Anunciada, anh tới nơi sâu nhất của nhà thờ Mother of Mothers để tìm thứ có thể giúp anh bước vào bên trong thánh địa ở phía trên. Trong lúc tìm kiếm anh gặp được một kẻ sám hối khác thuộc hội Brotherhood. Sau khi đánh bại hắn ta, anh bị đưa vào trong cõi mộng và gặp được một người đàn ông bí ẩn có cánh chim mà lúc trước anh nhìn thấy thông qua những hình ảnh của "Sự hối tiếc" mà The Miracle gieo vào trong 3 người bảo vệ.
Ông ta cho biết Penitent cần phải đến chỗ Chapel of the five Doves để có thể lấy được chiếc chìa khóa và giải thoát chú chim đầu tiên khỏi chiếc lồng đang giam giữ. Kẻ sám hối liền nhanh chóng trở lại Elevator Temples để bước vào Chapel of the five Doves. Tại nơi này, anh nhìn thấy xác một người có cánh được đặt bên trong lồng kính làm bằng vàng giống như trong cõi mộng.
Lúc này người hành hương bỗng nhiên tiến tới và đưa cho Penitent chiếc chìa khóa vì ông được báo mộng về việc anh sẽ xuất hiện tại đây. Kẻ hám sối liền quỳ xuống để thể hiện thành ý như một lời cảm ơn và tiến vào cõi mộng để gặp lại người đàn ông bí ẩn.
Giải thoát được chú chim đầu tiên khỏi chiếc lồng, người đàn ông bí ẩn lúc này mới cho biết ông là The Witness và cũng là người đỡ đẻ cho đứa trẻ xuất hiện thông qua những hình ảnh trong "Sự hối tiếc". Đồng thời, ông cũng bị The Miracle bắt làm nhân chứng cho những sự kiện liên quan đến nó. Vì thế, thân xác của ông được đặt trong một lồng kính dát vàng để linh hồn ông không thể bước sang thế giới bên kia.
Ông cũng cho biết, để tới được nhà thờ nơi cao nhất, Penitent cần phải lấy được 4 chiếc chìa khóa được đặt ở những nơi khác để giải thoát cho 4 chú chim còn lại. Khi đó thân xác của ông ấy sẽ được giải thoát và cánh cổng tiến vào nhà thờ sẽ được mở ra. Không chần chừ, Penitent liền lên đường, lần lượt tiêu diệt những kẻ sám hối và những con quái vật khác để thu thập đủ các chìa khóa.
Tại khu vực Two Moon, cũng là nơi giữ chiếc chìa khóa cuối cùng, có một tòa cung điện có thể được nhìn thấy thông qua hình ảnh phản chiếu của hồ nước. Nhờ phép màu mà hình ảnh phản chiếu của nó y hệt như một bức ảnh được chụp lại, hình dạng của cung điện sẽ luôn được giữ nguyên như vậy ngay cả khi nó có bị hư hại hay sụp đổ.
Ở đây, anh gặp lại Yerma một lần nữa. Sau khi nói chuyện với nhau, Penitent biết được cô từng sinh sống tại đây. Cô kể rằng trước đây có một chiếc chuông được treo trên đỉnh tháp cao nhất nhưng sau đó bị rớt xuống đáy hồ và không một ai nhìn thấy nó nữa. Bỗng một ngày, chiếc chuông tự nhiên ngân lên làm cho hình ảnh phản chiếu của mọi người trên mặt hồ bị biến dạng và thay đổi trông như những sinh vật gớm ghiếc.
Mặc dù chiếc chuông đã gây ra mọi thứ, nhưng chính lời nguyền của một người phụ nữ có tên là Svsona mới là thứ khiến chiếc chuông rung lên ngay từ đầu. Người phụ nữ này bị ám ảnh bởi chính hình ảnh phản chiếu của bản thân cùng với lòng ích kỷ, nên cô ấy cầu nguyện rằng không ai được phép nhìn thấy hình ảnh phản chiếu của họ trong hồ nước và chỉ muốn giữ làm của riêng.
Lúc này, Yerma yêu cầu được tham gia trận chiến cuối cùng với Penitent để hoàn thành lời hứa trả thù năm xưa. Penitent liền nhanh chóng đồng ý rồi cả 2 bắt đầu nhảy vào trận chiến với Svsona. Thành công tiêu diệt được kẻ thù, Yerma cảm ơn Penitent và đưa cho anh một món bảo vật của cô ấy như thể hiện lòng cảm ơn vì đã giúp đỡ cô thời gian qua.
Về phần Penitent, sau khi thu thập đủ chìa khóa để giải thoát 4 con chim còn lại, anh tiếp tục bước vào cõi mộng để nói chuyện với The Witness lần cuối cùng. Tại đây anh biết một bí mật khủng khiếp cũng như những việc The Miracle đang cố gắng thực hiện.
The Witness cho biết The Miracle muốn tạo ra một biểu tượng mới để thu thập sức mạnh vì kể từ khi rời khỏi vùng đất Cvstodia, sức mạnh của nó đã bị suy yếu nghiêm trọng. Giờ đây The Miracle cần phải làm mọi cách để lấy lại sự ủng hộ và đức tin. Bằng cách tạo ra những dịch bệnh, nó sẽ khiến người dân phải chịu nổi thống khổ và đau đớn.
Từ đó sẽ có nhiều người cầu nguyện The Miracle để giúp nó tăng thêm sức mạnh. Đây cũng có thể là lý do tại sao rất nhiều người dân và một số kẻ địch dường như đã phải nhận những số phận khủng khiếp, bi thảm, mặc dù điều đó đi ngược lại ý chí của họ. Tại thánh địa Crimson Rain, Penitent được diện kiến Everton, Father of the Penitences.
Đây chính người đứng đầu của hội Brotherhood dưới trướng của The Miracle. Lúc này Kẻ sám hối cũng nhìn thấy xác của người bạn cũ Crisanta đang ở trong tư thế quỳ gối bên cạnh Everton. Anh mới bàng hoàng nhận ra trong khi mình chết, Crisanta đã thay Penitent chiến đấu với những kẻ sám hối mà anh ấy đã giết trong cuộc hành trình trước đó.
Crisanta dường như hiểu rằng trái tim trên bầu trời là đứa con của The Miracle, nên cố gắng ngăn cản kế hoạch của nó, nhưng tiếc thay Everton lại quá mạnh nên cô ấy đã bị hạ gục tại đây. Sau khi thấy Penitent, Everton liền lên tiếng cho biết ông ta đã chờ đợi trong cõi vĩnh hằng quá lâu, để có thể gặp được “Penitent One”. Đó là danh xưng của người đầu tiên trở thành Kẻ sám hối, một tồn tại lâu đời và có khả năng tái sinh như The Miracle.
Everton cho biết The Miracle đã nghe thấy lời cầu nguyện của mình và chỉ định ông trở thành người đứng đầu của hội Brotherhood. Ngoài ra Everton còn được ban phước để trở nên bất tử. Đổi lại, ông ta phải chờ đợi ở đây cho đến khi Penitent xuất hiện và tiêu diệt anh ta. Chỉ như thế ông mới có thể trở thành kẻ sám hối duy nhất.
Kết thúc cuộc nói chuyện, cả 2 bắt đầu lao vào đánh nhau và có một trận đấu ngang tài ngang sức. Nhưng vì thân xác Everton đã già nua, không còn nhiều sức lực nên ông ta đã bị Penitent đâm thẳng vào tim bằng thanh gươm của Crisanta. Ngay khi Penitent vừa tiêu diệt được Everton thì trái tim trên bầu trời cũng kịp thời sinh ra đứa trẻ khỏe mạnh với sức mạnh của thần thánh.
Lúc này, Anunciada xuất hiện và thông báo Penitent phải đi lên để tiêu diệt đứa trẻ trước khi nó thức tỉnh sức mạnh hoàn toàn. Anh nghe thấy thế thì đi đến, quỳ gối trước Crisanta như thể hiện lòng cảm ơn cũng như lời chào tạm biệt người đồng đội đã cùng mình chiến đấu trước đây và bắt đầu bay lên trên những đám mây.
Ngay khi Penitent đặt chân lên những đám mây thì đứa trẻ đã lên tiếng, nói bản thân tên là Devotion và cũng là thành tựu lớn nhất của The Miracle. Nhưng nó cũng thắc mắc vì sao mình lại sinh ra, cũng như tại sao người đàn ông trước mặt nhất quyết phải tiêu diệt nó? Trong ký ức của mình, Devotion chỉ biết rằng The Miracle muốn nó kết hợp với Penitent để tạo nên một sinh mệnh mới, một vị chúa mới và một thời đại mới.
Nghe thấy thế Penitent liền lao vào cố gắng đánh bại đứa trẻ quyền năng kia. Sau một hồi chật vật anh ấy cũng thành công xử lý đứa con của The Miracle, kết thúc mọi đau khổ mà nó gây ra. Từ lúc này, Penitent sẽ chính thức được giải thoát, cả về thể xác lẫn tâm hồn. Anh có thể băng qua những vương quốc trong mơ, đến những nơi linh thiêng nhất, viếng thăm cái nôi của mọi phước lành. Penitent giờ đây đã hoàn tất sứ mệnh của mình.
Đến thời điểm này, mọi chuyện đã rất rõ ràng. Chúng ta có thể hiểu rằng, đứa trẻ được sinh ra chính là nỗ lực đầu tiên của The Miracle để có thể mang hình dạng vật chất. Tuy nhiên nó lại không quen sử dụng sức mạnh của bản thân dưới sự hướng dẫn của The High Will nên đã làm lây lan bệnh dịch và biến đổi con người ở khắp cõi Cvstodia.
Như vậy đứa trẻ theo đúng nghĩa đen cũng là một loại bệnh dịch vô hình, The Witness chỉ là người đầu tiên bị nó ảnh hưởng. Những điều này chứng tỏ The Miracle đang học cách chuyển sang hình dạng hữu hình. Sau đó The Miracle cuối cùng đã thành công tạo ra đứa trẻ dưới hình dạng Trái tim, đó là nỗ lực tốt nhất và cũng là cuối cùng để có thể hóa thân vào vật chất.