Năm 2020, lực lượng quân đội KPA được dẫn đầu bởi tướng Kyong đổ bộ và chiếm đóng đảo Lingsang. Nhóm nhà khảo cổ học trên đảo, dẫn đầu bởi tiến sĩ David Rosenthal phát đi tín hiệu cấp cứu, đồng thời cho biết rằng nhóm đã phát ra một bí mật có thể thay đổi cả thế giới. Quân đội Mỹ phái Raptor Team xâm nhập vào đảo với nhiệm vụ chính là sơ tán nhóm khảo cổ cũng như thu thập mọi thông tin quan trọng mà họ có được. Raptor Team bao gồm các thành viên là Nomad, Psycho, Aztec, Jester cùng đội trưởng Prophet. Họ được trang bị nanosuit, bộ giáp quân sự tiên tiến nhất thời điểm đó với khả năng nâng cấp sức mạnh, tốc độ, kháng sát thương vật lí cũng như tàng hình. Khi nhảy dù để tiếp cận đảo, Nomad bị một vật thể bay không xác định gây nhiễu loạn quá trình nhảy dù và chia tách cả đội. Trong quá trình va chạm khi tiếp đất bộ giáp của Nomad bị vô hiệu hóa và dù cũng hỏng, rất may là anh đáp xuống mặt biển an toàn. Lên trên bờ, Nomad gặp lại Prophet và được Prophet kích hoạt bộ giáp trở lại.
Khi mà cả nhóm tập hợp trở lại, họ nhận ra Aztec đã bị giết bởi một thực thể bí ẩn. Khi cả đội phát hiện ra xác Aztec, họ nhận ra rằng thực thể này cũng vừa tàn sát nhóm lính KPA gần đó. Tiếp tục thực hiện nhiệm vụ, Raptor Team phát hiện ra chiếc xuồng chứa các con tin. Đây cũng là lúc cả đội được tận mắt chứng kiến vật thể bay lạ trước đó xuất hiện, bắt lấy Jester rồi nhanh chóng giết anh trước sự bàng hoàng của mọi người. Sau đó, con tin đầu tiên được giải cứu tiết lộ rằng mình là gián điệp CIA được cử đi theo dõi công việc mà tiến sĩ David Rosenthal đang thực hiện. Đi sâu vào trong rừng, Nomad phát hiện ra một con tin khác đã chết với các mảnh băng đâm trên lưng, cùng với đó là quân KPA đang chiến đấu chống các vật thể bay lạ cách đó không xa. Khi Nomad và Prophet vừa gặp lại nhau, Prophet lại bị vật thể bay tóm lấy và lôi đi mất. Nomad báo cáo tình hình với sở chỉ huy rằng ngoài anh ra thì cả đội đã chết hoặc đang mất tích và được quân đội Mỹ cho phép hủy bỏ nhiệm vụ, thế nhưng Nomad từ chối và vẫn muốn hoàn thành nó.
Nomad tiếp cận cơ sở nghiên cứu của tiến sĩ David. Tại đây, anh được chứng kiến mẫu hóa thạch có niên đại 2 triệu năm của vật thể nhìn tương tự như thứ đã tấn công Raptor Team. Theo đó những vật thể này chính là các cỗ máy phi hành của chủng tộc ngoài hành tinh Ceph. Tiến sĩ David cho biết không chỉ tại đảo Lingshan, những thứ này còn được tìm thấy cả ở Afghanistan và Siberia, cho thấy rằng Ceph từng xuất hiện trên trái đất từ xa xưa. Mục đích lực lượng KPA chiếm đảo và bắt giữ nhóm khảo cổ vì họ có hứng thú với công nghệ quân sự của chủng loài này. Trong khi tiến sĩ David đang quét mẫu hóa thạch, vật thể này bất ngờ phát ra nguồn năng lượng làm đóng băng mọi thứ xung quanh, bao gồm bản thân David, còn Nomad được bảo vệ bởi bộ giáp nên không sao cả. Sau đó, Nomad đụng độ với 4 lính KPA được trang bị bộ giáp nanosuit tại khu vực hạ cánh máy bay, anh hạ gục toàn bộ các kẻ địch bị trước lên phi cơ. Nomad báo cáo lên cấp trên về việc nhiều khả năng đối phương cũng sở hữu công nghệ nanosuit tương tự.
Nhận ra tình hình bắt đầu mất kiểm soát, quân đội Mỹ dẫn đầu bởi thiếu tá Strickland quyết định mở cuộc đổ bộ quy mô lớn vào hòn đảo. Khi giao tranh giữa các phe trên đảo đang vô cùng quyết liệt, ngọn núi trung tâm của đảo bất ngờ đổ sập, để lộ ra công trình khổng lồ do người Ceph xây dựng bên dưới. Nomad khi đang tiếp cận khu vực này thì bị quân KPA bắt giữ. Tướng Kyong vô hiệu hóa bộ giáp của Nomad, sau đó bắt anh chứng kiến cảnh hắn hành quyết con tin và cho kích nổ để mở lối vào công trình ngầm của Ceph. Khi bị kích hoạt, công trình này phát ra dòng năng lượng tiêu diệt gần như toàn bộ quân KPA xung quanh, đồng thời tái kích hoạt bộ giáp nanosuit của Nomad. Cũng với bộ giáp Nanosuit, Kyong chống trả Nomad vô cùng quyết liệt để rồi cuối cùng bị nhân vật chính tiêu diệt. Ngọn núi tiếp tục đổ sập xuống, tất cả các con tin, bao gồm Helena là con gái của tiến sĩ David được giải thoát bằng máy bay, thế nhưng Nomad bị kẹt lại, anh quyết định tiếp tục đi sâu vào trong khối kiến trúc ngoài hành tinh này.
Càng đi sâu vào trong, Nomad nhận ra môi trường tại đây không có trọng lực. Sau khi đụng độ với đám Ceph đang đóng quân tại đây, Nomad nhận ra rằng Ceph có thể trở thành kẻ xâm lược trái dất với lượng lượng máy móc hùng hậu và công nghệ quân sự hiện đại. Khi cố thoát ra ngoài, Nomad thấy rằng công trình khổng lồ đang tạo nên quả cầu năng lượng với khả năng đưa nhiệt độ xung quanh xuống -200° C. Sau khi đụng độ với hàng loạt máy móc của Ceph ở bên ngoài, nhân vật chính gặp lại được Prophet, người vừa tìm ra cách sử dụng vũ khi MOAC của chủng tộc ngoài hành tinh. Tuy nhiên bộ giáp của Prophet bị hư hại nặng và anh buộc phải thường xuyên dừng lại sạc bộ giáp bằng nguồn nhiệt xung quanh. Cả 2 thoát khỏi khối cầu năng lượng và giải cứu Helena khỏi chiếc máy bay bị rơi. Prophet và Helena di tản trước bằng máy bay trong khi Nomad tiếp tục hỗ trợ quân Mỹ. Sau đó, nhân vật chính đụng độ với cỗ máy 4 chân tưởng như bất khả chiến bại của Ceph. Nomad may mắn thoát khỏi đó bằng máy bay trong khi thiếu tá Strickland bị kẹt lại. Khi trở về tàu sân bay USS Constitution, đô đốc Richard Morrison cho biết rằng đã có lệnh ném bom nguyên tử để xóa sổ hòn đảo. Tuy nhiên, Helena lo ngại rằng Ceph có thể sẽ hấp thụ năng lượng từ vụ nổ, có điều ngài đô đốc tỏ ra không quan tâm.
Cảm thấy không ổn Prophet liền kháng lệnh bằng cách lái máy bay quay lại đảo, vậy nhưng cuộc ném bom vẫn được thực thi. Vụ nổ hạt nhân khiến cho quả cầu năng lượng của Ceph trở nên lớn hơn, và các lực lượng Ceph bắt đầu chuẩn bị phản công với quy mô lớn. Lò phản ứng hạt nhân của tàu sân bay bị hư hại nặng nề, buộc Nomad phải mặc bộ giáp kháng phóng xạ để xuống sửa chữa. Tại lò phản ứng, Helena truyền về cho bộ giáp của Nomad tín hiệu mang tính thử nghiệm. Tín hiệu này phát huy tác dụng khi nó khiến lũ Ceph xung quanh hấp thụ quá nhiều năng lượng dẫn đến quá tải và tự hủy. Khi trở lại tàu sân bay, họ nhận ra đô đốc đã chết sau cuộc tấn công của cỗ máy 4 chân khổng lồ mà Nomad từng chạm trán trước đây trên đảo. Không còn cách nào khác anh đành vớ lấy khẩu đại bác TAC-Cannon để chống trả dù nó chỉ mới là bản thử nghiệm. Ngay lúc đó tàu chiến khổng lồ của Ceph nổi lên từ mặt biển, Helena tận dụng tín hiệu qua bộ giáp của Nomad nhằm vô hiệu hóa khiên chắn của chiếc tàu này và tạo cơ hội để Nomad dùng khẩu TAC-Cannon bắn phá con tàu.
Sau vụ nổ, chiếc tàu của bọn Ceph đè lên tàu sân bay USS Constitution và nhấn chìm cả 2 xuống đáy biển. Nomad cùng Helena được giải cứu bởi máy bay do Psycho cầm lái. Sau khi thoát khỏi vụ nổ của tàu chiến Ceph, Psycho nhận được tín hiệu yêu cầu gia nhập chiến đấu của nhóm tàu sân bay đang tiếp cận đảo. Nomad phản đối việc này, cho rằng giờ đây họ đã biết cách chống lại Ceph, họ nên tiếp tục chiến đấu. Bên cạnh đó tín hiệu của Prophet cho biết rằng anh vẫn ở trên đảo nên cả nhóm quyết định bay trở lại để thực hiện việc giải cứu.