Tiếp theo phần trước của cốt truyện Fatal Frame V, lúc này nhân vật chính chuyển sang Ren Hojo khi anh ta quyết định cùng trợ lý của mình là Rui Kagamiya đi tới căn nhà trọ bỏ hoang trên núi Hikami, để làm rõ các bí ẩn và ảo ảnh mà mình thấy trong giấc mơ.
Ren cũng có một chiếc Camera Obscura và anh ta nhanh chóng sử dụng nó để đẩy lui các hồn ma khi tiến vào trong nhà trọ, cũng giống như các nhân vật chính khác thì Ren cũng sở hữu khả năng đọc các kí ức từ hồn ma, khi anh ta biết được vị chủ nhân trước của căn nhà trọ đã tự sát bằng cách thắt cổ hay nói chính xác hơn là bị một hồn ma nữ làm cho ngã chết.
Ren lần theo các dấu vết đi lên sân thượng và biết được rằng người chủ nhà trọ đã dự định đi lên trên này để treo cổ tự tử, nhưng vì một lý do nào đó mà ông ta đã ngã xuống bên dưới và bị các tấm kính xiên chết. Trong lúc đang tìm kiếm xung quanh thì trợ lý Rui bất chợt đi ra lan can, cô ta vô thức cầm lấy sợi dây thừng còn sót lại và tròng lên cổ mình chuẩn bị nhảy xuống, đúng lúc này thì Ren quay trở lại, anh ta chạy tới ngăn Rui lại thì bất ngờ bị một hồn ma tấn công.
Hồn ma này cũng chính là thủ phạm mà Ren thấy trong kí ức đã đẩy ngã người chủ nhà trọ, nhờ chiếc Camera Obscura trong tay nên anh ta có thể đánh bại được nó và giải thoát cho Rui khỏi bị ám. Trong khi hai người bọn họ tìm cách rời khỏi sân thượng thì một hồn ma của trinh nữ nước đen xuất hiện, ám chỉ rằng những kẻ đã đến đây sẽ không bao giờ rời khỏi được cho tới khi hắn tan biến vĩnh viễn. Ren dùng chiếc máy ảnh đẩy lui hồn ma trinh nữ này, trước khi tiếp tục tìm cách bỏ trốn.
Nhân vật chính chuyển sang Yuri, lúc này cô ta đã trở về tiệm đồ cổ và bắt đầu tìm kiếm xung quanh hi vọng có thêm manh mối. Cuối cùng Yuri kiếm được rất nhiều tài liệu về những người mất tích trên núi Hikami, trong đó có cả Miu Hinasaki và Miku Hinasaki (mất tích 3 năm trước trong lúc tìm chồng), cũng như rất nhiều tài liệu của những người mất tích khác. Dựa vào những thứ này Yuri quyết tâm phải quay lại núi Hikami nhằm tìm bằng được Hisoka.
Yuri cũng nhớ lại lúc mình đi cùng Fuyuhi thì có đi ngang qua một ngôn đền chứa đầy búp bê, cũng như Fuyuhi đã nói mớ rằng đã thấy người bạn bị mất tích – Haruka ở đó, Yuri bám lấy manh mối này và hi vọng nếu có thể tìm ra tung tích của Haruka, thì cũng có thể lần được manh mối từ Hisoka.
Yuri quay trở lại ngọn núi Hikami và bắt đầu men theo con đường cũ, cô tìm thấy rất nhiều mảnh giấy ghi chép của Haruka, dường như nói về việc cô ta tới đây để có thể ở bên cạnh Fuyuhi, cũng như về khoảnh khắc chiều tà trên núi có vẻ vô cùng quan trọng. Yuri cũng biết được nguyên nhân mà các trinh nữ nước đen bị giết chết nhờ vào việc theo dấu linh hồn, đó là họ đã bị một người đàn ông đeo mặt nạ đuổi theo và tàn sát, kẻ này sau đó còn cố tình hủy hoại khuôn mặt các trinh nữ đã chết và ném họ xuống hạ nguồn con suối phía dưới.
Sau đó Yuri chạm mặt với linh hồn của gã đàn ông đã giết các trinh nữ nước đen, sau khi đánh lui linh hồn này thì cô cũng biết số phận cuối cùng của hắn, gã đàn ông này đã gặp một trinh nữ nước đen và sợ hãi chạy trốn khi người này cởi khăn bịt mắt, với lo sợ trinh nữ sẽ nhìn thấu tâm can và các tội lỗi của mình. Có vẻ như sau khi đã giết chết hết các trinh nữ, tên này đã đi đến ngọn suối thanh tẩy và tự mình châm lửa tự thiêu, chết giữa những cái xác của các trinh nữ mà mình vừa giết.
Lần theo các dấu vết của Haruka cuối cùng Yuri cũng đến được chỗ của ngôi đền búp bê, đúng như tên gọi nơi này có hằng hà sa số các con búp bê ngay từ ngoài, cũng như rất nhiều con búp bê khác to như người bình thường nằm rải rác phía trong. Yuri đi tới đại sảnh và tìm thấy một nắp hầm nghi ngờ là nơi Haruka đã xuống, đúng lúc đó thì bất ngờ một cô bé tóc trắng xuất hiện ngay trước Yuri.
Cô bé này nói về việc Yuri sẽ chết nếu đi xuống căn hầm này, sau đó bảo rằng sẽ để cô chơi một trò chơi và đưa cho Yuri một con búp bê làm thế thân, cũng như nói rằng hãy cố tìm được mình. Ngay sau đó Yuri tỉnh lại và nhận ra đó chỉ là ảo ảnh, cô nhanh chóng tìm đường xuống bên dưới ngôi đền, đi qua các hành lang ngập sũng nước.
Trong lúc tìm kiếm bên dưới tầng hầm, Yuri cũng bắt gặp các linh hồn ma nữ chết đuối giống như Miu lúc đầu game, có vẻ như họ là những tư tế đang thực hiện một nghi lễ gì đó, nhưng sau đó dòng nước đen từ bên trong đền đã trào ra và nhấn chìm tất cả, dìm chết những người này và biến họ thành các linh hồn oán hận.
Tiếp theo đó Yuri cũng tìm được đường thông sâu xuống dưới, cô nhận ra các ảo ảnh của Haruka đang đi trông đường hầm trước mặt, khi đuổi theo chúng thì Yuri nhận thấy một cảnh tượng rất lạ lùng, với rất nhiều chiếc hộp kì lạ màu đen nằm trong vũng nước. Một trong những chiếc hộp này là Haruka, kiệt sức và có phần bị ảo giác nhưng vẫn còn sống, những kí ức còn sót lại cho thấy Haruka đã một mình đi lên núi và bị một thứ gì đó dẫn dụ xuống phía dưới hang động, trước khi cô nhận ra thì đã thấy mình bị giam trong một chiếc hộp đen.
Trong lúc Yuri tìm cách đỡ Haruka đứng dậy, thì một linh hồn trào ra từ một chiếc hộp đen khác, linh hồn này mặc trang phục nữ tư tế và có vẻ như cũng bị giam trong chiếc hộp đen giống như Haruka. Sau khi đánh bại hồn ma này Yuri liền tự giới thiệu bản thân với Haruka, cũng như bọn họ cần phải rời khỏi ngọn núi càng sớm càng tốt.
Yuri dẫn Haruka trở về thành công, tuy vậy cô ta có vẻ như vẫn chưa thể nói chuyện bình thường và liên tục nhắc lại việc mình đã thấy mặt trời lặn. Cả Ren và Rui cũng có mặt, bọn họ đề nghị cần phải tiếp tục tìm kiếm Hisoka, cũng như sự giúp đỡ của Yuri là rất đáng giá. Trong lúc này Ren đột nhiên thiếp đi và gặp ác mộng, Yuri tò mò chạm vào người anh ta thì thấy lại ảo ảnh khi Ren còn nhỏ đang cầm dao, hình như là muốn giết một cô bé – tình cờ là cô bé này cũng có mái tóc trắng như người mà Yuri gặp ở đền búp bê.
Vào ngày hôm sau Yuri tỉnh lại thì phát hiện ra Haruka đã biết mất, cô ta đã bị hồn ma của Fuyuhi dẫn trở lại ngọn núi. Nhân vật chính chuyển qua góc nhìn của Ren, anh ta nhận được điện thoại từ một người bạn tên là Kazuya, có vẻ như Ren đã nhờ Kazuya một chuyện gì đó, nhưng trước khi kịp nhắc lại thì Kazuya bất ngờ nói rằng mình sắp kết hôn rồi sau đó nói những câu vô cùng khó hiểu.
Có vẻ như Kazuya gọi điện thoại từ chỗ nào đó trên núi Hikami, dưới chân anh ta là dòng nước đen đang từ từ trào ra còn phía sau lưng là một hình bóng bí ẩn. Cuộc điện thoại đột ngột bị ngắt, cho nên Ren quyết định quay lại núi Hikami một lần nữa để tìm hiểu.
Ren và Rui trở lại ngôn đền búp bê, lần này tới phiên Rui gặp cô bé tóc trắng, chỉ khác một điều là thay vì lần trước cô bé này đưa cho Yuri một con búp bê làm vật thế thân, thì lần này lại nói rằng sẽ biến chính Rui làm vật thế thân. Ren lạc mất trợ lý của mình và sau đó tìm thấy cô ta đang trốn trong hộc tủ, cho rằng Rui tạm ổn nên Ren tiếp tục hành trình định sẵn.
Ren sau đó cũng gặp được cô bé tóc trắng và nhận ra đây là người trong giấc mơ của mình, nhưng cô bé này lại nói về việc Ren có giữ tín vật của họ, cũng như lời hứa nào đó mà Ren không hiểu. Rui nói rằng cũng giống như những người có khả năng đọc bóng, cô bé này đã đưa một mảnh tín vật của mình cho người nào đó rất quan trọng, nhưng nó đã bị lạc mất và không thể tìm thấy được nữa.
Men theo con đường cũ bên dưới điện thờ, Ren và Rui cũng tìm được đúng địa điểm mà Yuri cứu Haruka lúc trước, bọn họ mở khóa cửa và tìm được tới khu nhà chính, nơi mà Keiji Watarai – một nhà nghiên cứu tâm linh từng ở khi làm việc tại núi Hikami. Căn nhà này có tên là Veiled House và nó giống như một truyền thuyết tại núi, khi đã biến mất một cách bí ẩn rất lâu trước đây, nơi này chứa rất nhiều ghi chép của Keiji về các sự kiện trên núi mà Ren cho rằng nó có thể giúp ích được đối với mình.
Trong lúc tìm kiếm Ren đột ngột nhận được điện thoại từ Kazuya, với những lời ngắt quãng về việc Ren đã đến quá muộn, bên cạnh chiếc điện thoại là một tấm hình cô dâu và nó giống hệt với những tấm ảnh trong cuốn album mà Ren từng nhận được.
(còn tiếp…)