Mặc dù Hide bị Tokichiro đâm giữa ngực trong cốt truyện Nioh 2 nhưng anh ta vẫn không chết, thay vào đó linh hồn của nhân vật chính được chuyển xuống một nơi gọi là Interim – nơi giao thoa giữa thế giới người sống và chết. Tất cả những linh hồn sau khi chết sẽ đi qua cái cây thần khổng lồ để tới bờ bên kia nơi họ thực sự an nghỉ, nhưng những ai vẫn còn vướng bận khi còn sống sẽ bị chấp niệm của mình giữ lại Interim, bọn họ không thể siêu thoát chừng nào nguyện vọng cuối cùng vẫn chưa được thực hiện.
Do Hide là người sở hữu cả hai dòng máu cộng thêm chiếc dao găm đặc biệt, nên linh hồn của anh ta có thể tới và đi khỏi Interim một cách tự do chứ không “chết” như người bình thường. Tại đây Hide gặp lại rất nhiều người quen cũ như Hanbei, Azai Nagamasa, Saito Toshimitsu hay Katsuie… tất cả bọn họ đều có những tiếc nuối chưa làm được nên không thể siêu thoát.
Hide sau đó gặp lại mẹ mình Miyoshino và được bà giải thích về tình hình hiện tại, gã đàn ông bí ẩn cầm trượng là một hóa thân của Otakemaru – Yokai mạnh mẽ nhất toàn cõi Nhật Bản. Lúc trước Otakemaru từng gây náo loạn một lần trong quá khứ, nhưng nó đã bị phong ấn tại ngôi đền Byodo-In bởi một người anh hùng sử dụng cây thần kiếm Sohayamaru, thứ có thể tiêu diệt mọi loại Yokai và đem lại sự sống vĩnh cửu cho người sử dụng. Đáng tiếc là giờ đây thanh kiếm này đã bị hủy hoại và thất lạc mất, chỉ còn một mảnh nhỏ chính là con dao găm mà Hide luôn đeo trên người.
Sau khi bị phong ấn tại Byodo-In thì Otakemaru đã để một phần sức mạnh của mình thoát ra ngoài, hóa thành hình dạng gã đàn ông cầm trượng để tìm cách tha hóa con người, biến họ thành công cụ nhằm giải phóng phong ấn cho mình. Trước đó trong cốt truyện Nioh 2 đã có rất nhiều người bị Otakemaru nhắm tới nhưng đều không thành công, Tokichiro là đối tượng tiếp theo như chúng ta đã biết.
Miyoshino khuyên con trai mình nên đi tới Byodo-In để kiểm tra phong ấn, cũng như tìm hiểu bí mật cách làm sao để khôi phục lại thần kiếm Sohayamaru vì đây là thứ duy nhất có thể giết được Otakemaru. Hide tỉnh lại sau một giấc ngủ dài, anh ta đi tới Byodo-In và gặp Mumyo, cũng như thấy được chỗ này đã biến thành một tòa lâu đài khổng lồ do chính Tokichiro lúc này đã là người thống trị Nhật Bản xây dựng nên để che giấu ngôi đền bên trong.
Hide tiêu diệt đám Yokai cản đường và gặp lại Tokichiro ở tầng cuối cùng của Byodo-in, ông ta phá vỡ các phong ấn còn lại trong đền để giải thoát 2 Yokai cùng đẳng cấp với Otakemura (gọi chung là Tam đại quỷ) đó chính là Tamamo-no-Mae và Shuten Doji. Ngay khi vừa được gỡ bỏ phong ấn thì Tamamo-no-Mae (dưới hình dạng một con cửu vĩ hồ) đột ngột bay lên không trung và biến mất, còn Shuten Doji thì lao vào chiến đấu cùng với Hide, sau một trận đấu dai dẳng cuối cùng Hide cũng đánh bại được Shuten Doji.
Thông qua bức họa trong đền, Hide nhận ra con dao găm của mình và chiếc vòng đeo trên cổ của Mumyo chính là 2 mảnh của thần kiếm Sohayamaru trong cốt truyện Nioh 2. Đúng lúc này thì Mumyo cũng xuất hiện và nhận ra điều này, cô ta trao lại chiếc vòng của mình cho Hide nhưng cũng nói rằng để hoàn thành thần kiếm phải cần một lượng lớn Sprit Stone. Bọn họ nghĩ ngay tới Tokichiro và số lượng Sprit Stone mà ông ta đã trữ từ trước, do đó cả hai lên đường tới lâu đài Jurakudai.
Hide cùng Mumyo nhanh chóng nhận ra Jurakudai là một cái kho chứa Sprit Stone khổng lồ, bọn họ chạy lên tầng trên cùng thì gặp được Tokichiro đang tìm cách bỏ đi, ông ta để lại một con Yokai khổng lồ có hình như lâu đài để cản đường Hide. Sau khi tiêu diệt đối thủ Hide đã dùng toàn bộ số Sprit Stone thu được để tái tạo lại thần kiếm Sohayamaru, thời điểm cuối cùng để giải quyết mọi việc đã tới.
Do nhiều biến cố khác nhau nên Tokichiro trở nên thận trọng hơn và lúc nào cũng mang rất nhiều người theo bảo vệ mình, tuy vậy ông ta lại nổi hứng tổ chức một buổi ngắm hoa anh đào tại đền Daigo, tụ tập rất nhiều phụ nữ quý tộc để theo hầu mình và đây là cơ hội để Hide cùng Mumyo lẻn vào. Nhờ sự trợ giúp của Odani – một vũ công từng mang ơn Hide, cả hai người bọn họ dễ dàng trà trộn vào đoàn hát rồi bất ngờ tấn công Tokichiro ngay trên sân khấu, tuy nhiên ông ta vẫn kịp chạy thoát được vào trong đền.
Hide đuổi theo Tokichiro và hạ gục bảy vị tướng cản đường mình, trước khi gặp lại bạn thân trên đỉnh tháp, hai người lại một lần nữa quyết đấu với nhau và mặc dù có sức mạnh từ cặp sừng của Otakemaru, thì Tokichiro vẫn bị hạ gục. Trong giây phút cuối cùng lấy lại được lý trí, Tokichiro xin lỗi Hide vì bản thân đã để dục vọng làm mờ mắt, cũng như hi vọng một ngày nào đó bọn họ có thể gặp lại nhau như lúc trước.
Sau khi dời xác của Tokichiro ra ngoài, Hide dự định phá hủy chiếc sừng của Otakemaru thì phân thân của Yokai này là gã đàn ông bí ẩn xuất hiện. Hắn hấp thu nốt sức mạnh còn lại từ Tokichiro và lao vào tấn công Hide, nhưng do đây chỉ là một phần rất nhỏ từ Otakemaru nên dễ dàng bị Hide hạ gục, mọi việc còn lại chỉ là đem thứ này về đền Byodo-In để phong ấn.
Hide trở lại Interim và để từ biệt mẹ mình lần cuối, bà cuối cùng cũng có thể yên nghỉ khi Otakemaru đã bị phong ấn. Miyoshino từ từ rời khỏi cái cây khổng lồ này để đi tới bờ bên kia, nơi cha của Hide đang đợi sẵn và cả hai siêu thoát cùng nhau. Hide mang chiếc sừng của Otakemaru về đền Byodo-In rồi dùng thần kiếm Sohayamaru đâm nát nó, biến bản thân trở thành một phong ấn sống và chìm vào giấc ngủ.
Thời gian chuyển về rất nhiều năm sau đó cho tới khi William tới Nhật Bản, giải quyết các sự kiện trong phần đầu Nioh (tính cả DLC). Anh ta đuổi theo Maria – một cô gái tới từ Tây Ban Nha đang tìm kiếm Amrita và gây ra các trận chiến ở 3 bản DLC trong cốt truyện Nioh, William nghe ngóng được Maria đang tìm cách hồi sinh một ai đó tại Byodo-In nên đã tìm tới đây, đúng lúc này thì Hide cũng đột ngột tỉnh lại.
Trong thời gian tự phong ấn bản thân với Otakemaru, Hide cũng bị tà khí làm ảnh hưởng và rơi vào trạng thái cuồng loạn, anh ta tấn công William và hai người đã có một trận đấu với nhau. Tuy vậy đánh được giữa chừng thì Hide đã lấy lại tri giác và tống khứ bản thể của Otakemaru ra khỏi người, cùng lúc Mumyo vào giải thích William không phải là kẻ thù mà có chung mục đích với bọn họ.
Hide, Mumyo cùng William bắt tay với nhau cùng truy tìm Maria, bọn họ đến đúng lúc cô ta đang tìm cách hồi sinh Tokichiro nhưng phân thân của Otakemaru xuất hiện, dĩ nhiên hắn không thể bỏ qua một vật chủ tốt như vậy nên lập tức tìm cách kiểm soát Tokichiro. Đúng lúc này Hide xuất hiện và lao tới che cho bạn mình, khiến cho toàn bộ sức mạnh của Otakemaru nhập vào người anh ta và Hide phải chiến đấu với chính con quỷ này trong tâm trí mình.
Nhờ sự giúp đỡ của linh thú Tokichiro, Hide đã đánh bại Otakemaru một lần và mãi mãi khi dùng thanh thần kiếm Sohayamaru kết liễu hắn. Tokichiro tỉnh lại và đoàn tụ cùng Hide với Mumyo, ít nhất thì ước nguyện cuối cùng của ông ta cũng đã hoàn thành. Về phần Maria sau khi gây ra rất nhiều phiền phức đã bị William tóm cổ và áp giải về nước, chấm dứt chiến tranh do cô nàng này gây ra.
Do Tokichiro vốn là người đã chết, nên sau khi gặp lại hai người bạn cũ ông ta cũng phải bước qua bờ sông để siêu thoát, nhưng lần này thì mãn nguyện hơn rất nhiều vì không còn vướng bận gì nữa.
Đoạn cuối trong cốt truyện Nioh 2 Hide quay trở về cây anh đào cũ nơi lần đầu gặp Tokichiro, Mumyo xuất hiện và nói rằng thế giới vẫn còn rất nhiều thứ cho bọn họ bảo vệ và đề nghị Hide đi cùng mình, cả hai sau đó biến mất không rõ tung tích. Về phần William thì kết thúc chiến tranh anh ta cũng về hưu và chuyển tới sống cùng Hanzo, có một điểm là William cũng đã kịp có một đứa con trai tên là Joseph – tuy game không nói rõ mẹ đứa bé là ai nhưng khả năng cao là Okatsu, vì linh thú hộ mệnh cho Joseph chính là con thỏ của Okatsu.
Và đó là toàn bộ những gì diễn ra trong cốt truyện Nioh 2, đây thực sự là một tựa game hay và hi vọng nó cũng sẽ có các bản DLC để giải thích nốt những gì còn vướng mắc như phần một.
- Cốt truyện Nioh 2: Vệ Thần xứ Phù Tang – P.1
- Cốt truyện Nioh 2: Vệ Thần xứ Phù Tang – P.2
- Cốt truyện Nioh 2: Vệ Thần xứ Phù Tang – P.Cuối