Người chơi sẽ vào vai một điều tra viên, người đang tìm kiếm và nghiên cứu về Chaos, du hành khắp thế giới, kết bạn và đối mặt với những cuộc phiêu lưu mạo hiểm. Naked Rain hy vọng rằng Project Mugen có thể mang đến cho người chơi một trải nghiệm mới mẻ khi tự do khám phá đô thị.
Đội ngũ phát triển luôn nỗ lực kết hợp cảm giác “tự do” với không khí “đô thị”. Để đạt được mục tiêu này, nhà phát triển đã sử dụng công nghệ tạo ra môi trường thành phố theo quy trình để nhanh chóng xây dựng toàn bộ thành phố, từ đó kết hợp với các hệ sinh thái đô thị được con người thiết kế nhằm vẽ nên cảnh quan đô thị hoàn chỉnh và sôi động ngay trước mắt người chơi. Trong một thành phố rộng lớn như vậy, làm thế nào các nhân vật có thể di chuyển và định hướng một cách hiệu quả? Các chuyển động như đu, bám, bơi lội và lái xe đều được tích hợp vào một hệ thống trực quan duy nhất. Nhà phát triển gọi đó là hệ thống 3C có tính di động cao. Với hệ thống 3C, người chơi có thể dễ dàng chuyển đổi giữa các phương thức di chuyển khác nhau, đi lại xung quanh và giữa các tòa nhà chọc trời của thành phố.
Về phần khám phá đô thị, các nhà thiết kế của Naked Rain đã chỉ ra rằng các đồ vật trên đường phố không chỉ là đồ trang trí mà còn là những vật có thể bị phá hoại hoặc được tận dụng, mở ra những khả năng mới để khám phá và tương tác. Ý tưởng này đã tăng khối lượng công việc của đội ngũ phát triển nhưng sự tự do khi khám phá mới là điều thực sự quan trọng đối với một trò chơi như Project Mugen. Khi đi dạo trên đường phố, người chơi có thể tương tác với hầu hết mọi vật thể trên đường. Cho dù là phá hoại con đường hay thư giãn bằng cách chơi với lũ mèo, người chơi có thể làm mọi điều họ muốn trong thế giới của Project Mugen.