Thần thoại và truyền thuyết Nhật Bản vô cùng phong phú, độc đáo. Chính vì vậy mà chúng đã trở thành chất liệu không thể thiếu cho tác giả Gosho Aoyama tạo lên nhiều vụ án đỉnh cao trong bộ truyện Thám tử lừng danh Conan.
1. Truyền thuyết Kappa
Kappa là yêu quái giỏi bơi lội cực kỳ nổi tiếng trong văn hóa dân gian Nhật Bản. Theo mô tả, chúng thường sống ở gần dòng sông, kênh nước. Kappa có ngoại hình giống tinh tinh, đầu bờm xờm, mũi khoằm và mỏ quạ. Chúng có sở thích ăn gan người, thỉnh thoảng vẫn tìm cách kéo người xuống nước để hút gan qua đường hậu môn.
Trong File 719: Lời thỉnh cầu từ đáy ao, cha con thám tử Mouri và Conan được một người phụ nữ thuê đến ngôi nhà trọ hẻo lánh gần sông để điều tra minh oan cho bà ta. Tuy nhiên, khi đến nơi, ông lại bị cuốn vào bí ẩn về cái chết của một cậu bé, được đồn đại là có liên quan đến Kappa.
2. Truyền thuyết Bát Khuyển Sĩ
Truyền thuyết này bắt nguồn từ thiên tiểu thuyết của văn sĩ Takizawa Bakin thời Edo. Câu chuyện bắt đầu từ mối thù giữa người phụ nữ Tamazusa với gia tộc Satomi và nhân duyên giữa công chúa Fuse-hime với chú chó Yatsufusa. Trước lúc chế, Tamazusa đã nguyền rủa con cháu nhà Satomi đều bị biến thành chó. Tuy nhiên, nhờ nhân duyên kỳ lạ giữa công chúa Fuse-hime với thần khuyển Yatsufusa, nàng công chúa đã sinh hạ 8 người con mà điểm chung là trong tên gọi đều có chữ khuyển "inu". 8 người này được gọi là Bát Khuyển Sĩ, dù mỗi người có duyên nợ khác nhau, song cuối cùng họ đều sinh ra trong gia tộc Satomi để giúp hóa giải oán niệm với độc phụ Tamazusa.
Truyền thuyết này được đề cập đến trong File 734: Quỷ khuyển, khi cha con Mouri và Conan đến dinh thự nhà Inubushi theo lời mời của Heiji để điều tra chân tướng những cái chết khó hiểu của thành viên trong gia đình. Tại đây, họ đụng độ với "quỷ khuyển".
3. Truyền thuyết về Jorougumo
Tương truyền Jorougumo là truyện thuyết kể về một con nhện sống hơn 400 năm thành tinh. Nó hay đội lốt cô gái xinh đẹp để tìm đến những quán trọ hoặc vùng hoang vắng rồi chơi đàn, thổi sáo quyến rũ đàn ông. Những người đàn ông bị nó mê hoặc sẽ tự động chui vào hang ổ của nó. Đến lúc này, con nhện mới hiện nguyên hình dạng gớm ghiếc, bắt chói rồi tiêm nọc độc và từ từ nhâm nhi con mồi.
File 246: Ngôi nhà nhện, Heiji Hatori và bố con ông Mouri lại cùng đến nhà một nghệ nhân rối gỗ. Tại đây họ chứng kiến loạt án mạng kinh hoàng mà các nạn nhân đều bị mắc vào lưới chỉ mô phỏng theo tơ nhện. Người già cả nhất trong gia đình nghệ nhân rối đã khăng khăng rằng án mạng do thần nhện gây ra.
4. Truyền thuyết về quái thú Nue
Nue là sinh vật thần thoại Nhật Bản, được miêu tả có đầu khỉ, mình chồn, 4 chân như hổ và đuôi rắn. Nue có hành tung bí ẩn, tiếng kêu não nề về đêm. Do đó vào thời phong kiến, thiên hoàng cùng các quý tộc luôn tổ chức cúng tế linh đình mỗi khi nghe thấy tiếng nó. Họ cho rằng làm vậy sẽ ngăn được điềm gở xảy ra.
File 958: Quái vật ở làng Yadori, Conan cùng cha con ông Mouri lên đường đến một ngôi làng để lần theo cuộc truy tìm kho báu cổ. Tại đây, họ đã được nghe kể về truyền thuyết về quái thú Nue.
5. Truyền thuyết về Tengu
Trong tín ngưỡng dân gian Nhật Bản, Tengu vừa có thể xem là yêu quái, vừa có thể xem là thần. Chúng có hình dạng lai giữa người và chim với chiếu mũi dài đặc trưng. Khuôn mặt Tengu thường khá dữ tợn, ngoài ra toàn thân còn có màu đỏ rực.
File 1000: Trần nhà đỏ tươi, Tengu được đề cập đến có liên quan đến án mạng liên hoàn trong một tổ làm phim mà Shinichi Kudo gặp trong chuyến đi tới Kyoto cùng bạn học của mình.