Bộ truyện Dr. STONE vẫn luôn giữ được vị trí ổn định trên bảng xếp hạng các manga của tạp chí Weekly Shonen Jump. Tuy mang chủ đề khoa học nhưng Dr. STONE vẫn có những giây phút vào sinh ra tử. Arc gần đây nhất đã xảy ra cuộc đối đầu khốc liệt giữa hai nhà khoa học thiên tài, Senku và Xeno.
Khác với cậu học sinh cấp 3 Senku, Xeno là một tiến sĩ từng làm việc tại NASA, cũng tình cờ là cố vấn cho Senku khi cậu còn nhỏ và bắt đầu tìm hiểu về khoa học. Ở thế giới hóa đá, Xeno xây dựng được một nền văn minh kỹ trị. Kỹ trị là một hình thức chính phủ được đề xuất trong đó những người đứng đầu được lựa chọn trên cơ sở chuyên môn của họ trong một lĩnh vực nhất định, đặc biệt liên quan đến những kiến thức khoa học hoặc kỹ thuật. Cuộc hội ngộ giữa hai cá nhân hơn người không mở đầu với cảnh tay bắt mặt mừng, mà là những trận đấu gay gắt giành quyền kiểm soát.
Tuy nhiên, hạn chế của kỹ trị là cơ cấu quyền lực này chỉ tồn tại với thế giới sau thảm họa. Điều gì sẽ xảy ra khi nhân loại được phục hồi, mà điều đó chắc chắn sẽ xảy ra do bản chất của manga thể loại shonen? Khi thế giới trở lại bình thường, những vùng xám của chính trị không thể dựa vào sự ổn định của tri thức khoa học.
Đây là lý do tại sao Senku quyết định hồi sinh mọi người, một quyết định mâu thuẫn với sự chọn lọc của Tsukasa. Và đó chính là khởi nguồn của Stone War. Tsukasa muốn xây dựng một thế giới mới dành cho những người mạnh và thuần khiết, bỏ lại thế giới "thối nát" trước khi.Trong khi Senku thì lại không quan tâm đến điều đó. Cậu chỉ đơn giản là muốn đưa mọi người trở lại trạng thái bình thường. Trận chiến này chỉ ra những lo ngại đương thời về vị trí của khoa học trong thế giới chính trị, đặc biệt trong bối cảnh các mối quan tâm cấp bách như biến đổi khí hậu và gần đây là dịch COVID-19.
Senku, nhà khoa học lỗi lạc và lý tưởng của Inagaki và Boichi, không quan tâm đến chính trị. Mặc dù họ chưa nghiên cứu quá sâu về vấn đề này, nhưng tác giả và họa sĩ của bộ truyện dường như tin rằng khoa học và chính trị không nên gắn bó chặt chẽ với nhau. Tiến sĩ Xeno và nền công nghệ mà anh đã xây dựng cho đến nay là đại diện cho niềm tin này.
Chính nhà khoa học - và cốt lõi là khoa học - khi nắm quyền hạn trong xã hội thì kết quả không tốt đẹp gì. Khoa học hỗ trợ xã hội, như Senku đang làm, là tốt. Nhưng bộ truyện Dr. STONE đang cảnh báo về việc đặt khoa học lên đầu xã hội. Bởi nếu đặt sai kẻ trị vì thì tình hình sẽ diễn biến khó lường. Manga đây khẳng định rằng khoa học nên được sử dụng để chế tạo những thứ như tàu thủy hoặc điện thoại di động, thay vì được ứng dụng vào chế tạo vũ khí chiến tranh.
Bộ truyện cũng sử dụng trí thông minh nhân tạo trong khoa học viễn tưởng. Nhưng thay vì tạo dựng nó như một vị cứu tinh hay kẻ thù, cả hai khía cạnh đều được đưa vào. Trong khi Whyman trên mặt trăng là trí tuệ nhân tạo đe dọa thế giới, thì Rei từ Dr. Stone Reboot: Byakaguya cho thấy những mặt tích cực hơn của công nghệ. Bằng cách tạo ra sự đối ngẫu này, Inagaki và Boichi khẳng định rằng bản chất của khoa học không phải tốt hay xấu, mà ta phải dựa trên cách ứng dụng nó vào thực tiễn.