Những tổ chức xuất hiện trong các tác phẩm anime đều có màu sắc riêng biệt, hoạt động theo một quy tắc chung và có mục đích riêng để chinh phục. Hầu hết họ đều có tạo hình độc đáo, sở hữu sức mạnh với những năng lực đặc biệt, mỗi nhân vật trong tổ chức đều có quá khứ và cuộc đời đầy biến động với những bí mật riêng. Khán giả dường như cảm nhận, thấu hiểu được quan niệm, triết lý đầy tính nhân sinh trong cách thức hoạt động và mục tiêu mà mỗi tổ chức muốn truyền tải.
1. The Juppongatana ( Rurouni Kenshin )
The Juppongatana (nghĩa là 10 tay kiếm) là một băng đảng tập hợp các kiếm sĩ sát thủ nguy hiểm với mục đích là lật đổ chính quyền mục nát Minh Trị. Kẻ đứng đầu lực lượng đặc biệt này là Shishio Makoto, một nhân vật phản diện được bao bọc bởi lớp băng quấn khắp cơ thể bị bỏng của gã.
Các thành viên trong hội thường có xuất thân và quá khứ đau thương. Mỗi kiếm khách đều có biệt danh và kỹ năng, phong cách chiến đấu riêng biệt, độc đáo. Họ đều là những kẻ căm thù, nổi loạn chống đối chế độ Minh Trị và tôn trọng, ngưỡng mộ sức mạnh của Shishio Makoto. 12 con người với kiếm thuật khác biệt là tuyến quân đối kháng gây khó khăn cho lãng khách Kenshin huyền thoại với những trận đấu đỉnh cao, ác liệt.
2. Night Raid (Akame ga KILL!)
Đây là tổ chức sát thủ nòng cốt trong cốt truyện chính của anime Akame ga KILL!. Một hội gồm toàn những sát nhân cực kỳ nguy hiểm, được gọi là những con quỷ, hoạt động với mục đích lật đổ Thủ tướng, kẻ quyền lực thao túng chính quyền và khiến nhân dân lâm vào cảnh nghèo đói, chiến tranh. Nam chính Tatsumi đã được giải cứu và huấn luyện để gia nhập tổ chức này dưới sự dẫn dắt, lãnh đạo của Najenda, một cựu tướng của quân đội Hoàng gia.
Mỗi thành viên trong tổ chức đều mang trong người "vũ khí Imperial"; ngoài kiếm, súng để chiến đấu còn có áo giáp, hộp đựng mỹ phẩm để biến hình, trở thành một chiến binh mạnh mẽ. Night Raid là một tổ chức hoạt động trượng nghĩa, thuộc phe chính diện nhưng hành động rất bạo lực với những cảnh chiến đấu tàn nhẫn và rùng rợn. Số phận của Night Raid là một bi kịch khi các thành viên chủ lực chết dần đi, kết thúc chỉ còn lại Akame vẫn nỗ lực hoàn thành kế hoạch ám sát, loại trừ dần những kẻ xấu.
3. Thất Nhân Bang (Inuyasha)
Trong Inuyasha, Thất Nhân Bang là tên gọi của nhóm lính đánh thuê nguy hiểm, đầy sát khí, bị các lãnh chúa thời Chiến Quốc truy sát và xử trảm chôn tại Gò Bảy Người tại ngôi làng dưới chân núi Bạch Linh Sơn. Sau này Naraku đã hồi sinh Thất Nhân Bang bằng Ngọc Tứ Hồn nhằm lợi dụng và biến họ thành tay sai thực hiện tham vọng xấu xa riêng của y.
Mỗi người trong Thất Nhân Bang đều có ngoại hình, sức mạnh và khả năng chiến đấu riêng biệt với các kỹ năng và vũ khí độc đáo. Họ là những "dị nhân", những con quái vật sẵn sàng tàn sát, cướp bóc không từ bất cứ thủ đoạn gì. Kẻ đứng đầu là Bankotsu, người trẻ tuổi nhất nhóm, rất hiếu chiến với thanh đại đao khổng lồ Mang Long. Sức mạnh của bảy người trong nhóm có sự chênh lệch và phân biệt rõ rệt, kẻ mạnh sẽ dẫn đầu và thao túng ra lệnh cho kẻ yếu thực thi nhiệm vụ.
4. Akatsuki (Naruto)
Akatsuki (theo tiếng Nhật nghĩa là Bình Minh) là một tổ chức khủng bố nguy hiểm nhất mọi thời đại trong thế giới ninja của Naruto. Xuất hiện bí ẩn, hành vi nguy hiểm với những thành phần bất hảo, độc nhất vô nhị về tài năng lẫn tội ác, Akatsuki là cơn ác mộng đối với mọi làng ninja, đặc biệt là làng Lá. Mỗi thành viên trong tổ chức là những tội phạm bị truy nã cấp S, thuộc hạng ninja máu mặt, sở hữu năng lực thượng thừa và ẩn chứa một quá khứ với nhiều bí mật khủng khiếp.
Akatsuki được thành lập bởi Yahiko, Konan và Nagato trong thời kỳ chiến tranh thế giới ninja thứ 3. Mục đích ban đầu đơn giản chỉ là xây dựng nền hòa bình cho làng Mưa nhưng trước âm mưu của Danzo dẫn đến cái chết bi kịch của Yahiko và sự xúi giục của Tobi, Nagato đã sử dụng xác của Yahiko để cho ra đời Pain. Kể từ đây, chủ nghĩa khủng bố Akatsuki bắt đầu với một kỷ nguyên của giết chóc và chiến tranh.
Đồng phục của tổ chức là một chiếc áo khoác dài màu đen với những đám mây đỏ, băng ninja là biểu tượng ngôi làng mỗi thành viên xuất thân kèm theo một vạch ngang. Mỗi người sẽ đeo một chiến nhẫn khắc chữ Kanji có màu sắc khác nhau, biểu tượng vị trí của họ. Hoạt động của Akatsuki thường đi theo cặp với mục tiêu là thu thập vĩ thú để tạo nên thứ vũ khí kinh khủng nhằm bá chủ thế giới ninja.
Giai thoại, lịch sử và những câu chuyện liên quan đến Akatsuki vẫn là điều bí ẩn mà bất cứ ai dõi theo tác phẩm Naruto cũng đều mê đắm, tò mò tìm hiểu xem sự thật kinh hoàng gì mà tổ chức này đang che giấu trong bóng tối.
5. Team Rocket (Pokemon)
Pokémon là một tác phẩm dành cho lứa tuổi thiếu nhi nên mặc dù là một tổ chức phản diện, Biệt đội hỏa tiễn (Rocket Team) lại được khắc họa vô cùng dễ thương, đáng yêu và rất được yêu thích. Thành viên trong đội gồm Jessie, James và chú mèo Meowth hoạt động với mục đích là truy bắt các Pokémon, đặc biệt là Pikachu của Satoshi. Tuy nhiệm vụ thường thất bại và cả đội bị thổi bay lên trời nhưng sự gan lì, chiến đấu đến cùng của Rocket Team luôn khiến các fan phải mỉm cười và nể phục.
3 thành viên trong biệt đội là những người luôn mơ mộng với trí tưởng tượng phong phú, thích được lên chức và rất yêu quý ông chủ Giovanni của mình. Rocket Team xuất hiện và luôn khuấy động bầu không khí, khiến Pokémon trở nên sôi động và vui nhộn hơn. Nhóm hành động với thông điệp: "Chúng tôi đại diện cho những nhân vật phản diện đầy khả ái và ngây ngất lòng người. Chúng tôi là Biệt đội hỏa tiễn, bảo vệ dải ngân hà. Một tương lai tươi sáng đang chờ đợi chúng tôi".