Người đọc có thể theo dõi những phần trước trong series cốt truyện của Lies of P qua những đường link sau:
Phần 1: cot-truyen-lies-of-p-pinocchio-duoc-ke-theo-phong-cach-souls-like.150548/
Phần 2: cot-truyen-lies-of-p-trum-cuoi-dan-dan-lo-dien-phan-2.150554/
Lối đi ẩn bên dưới khách sạn dẫn P đến Di tích Trismegistus, khu vực mà Ergo lần đầu được phát hiện. Tuy nhiên, con đường từ đó đến Isle of Alchemists đang bị Black Rabbit Brotherhood chặn lối, dẫn đầu bởi gã “anh cả” vốn đã bị P hạ gục, nhưng được hồi sinh và tăng cường sức mạnh bởi các Nhà giả kim. Sau khi đánh bại chúng lần nữa, P sẽ gặp lại Alidoro, kẻ đã phản bội khách sạn. Người chơi có thể chọn giữa việc chiến đấu và trừng phạt hắn ta, hoặc tha thứ. Sau đó, chiếc tàu ngầm chạy bằng Ergo vàng sẽ xuất hiện và đưa P đến Đảo. Cũng trong khoảng thời gian này, nếu P quay lại Khách sạn Krat, Venigni sẽ giải mã được một tin nhắn từ Bộ giải mã sóng Ergo mà chỉ P mới có thể nghe được. Đó là tin nhắn từ Romeo, King of Puppet, tiết lộ rằng hóa ra chính Geppetto là kẻ chủ mưu cho cuộc bạo động Puppet Frenzy.
Romeo, trên thực tế là bạn thân của Carlo, khi sắp chết vì nhiễm bệnh hóa đá, đã yêu cầu Geppetto biến mình thành một con rối để bảo vệ người dân Krat. Tuy nhiên, cậu không ngờ rằng thứ Geppetto muốn chỉ là hồi sinh Carlo, con trai ông ta, người cũng đã chết vì căn bệnh hóa đá. Geppetto biến Romeo thành Puppet King, nhằm mục đích điều khiển toàn bộ các con rối khác để tiêu diệt người dân Krat và thu thập Ergo. Tuy nhiên, Romeo đã lấy lại được nhân cách, nổi loạn và đứng lên để bảo vệ nhân loại khỏi Bệnh hóa đá, các Nhà giả kim cũng như chính Geppetto. Thật không may, Geppetto đã tạo ra một đạo luật bí mật ẩn sau Grand Covenant được gọi là Law Zero, cho phép ông ta nắm quyền kiểm soát cuối cùng đối với mọi con rối. Bằng cách sử dụng Law Zero, Geppetto đã tạo ra Puppet Frenzy dẫn đến cái chết của phần lớn dân số Krat. Mặc dù vậy, Romeo vẫn tập hợp các con rối lại để ngăn chặn Geppetto và các Nhà giả kim, đồng thời sử dụng ảnh hưởng của mình để bảo vệ những người còn lại.
Sau khi biết Ergo của Carlo đã được chuyển vào P, Romeo đã cố gắng cử sứ giả đến gặp P để thông báo tình hình cho cậu và tránh khỏi việc cả 2 phải chiến đấu. Tuy nhiên, do bị Geppetto thao túng nên P đã giết chết tất cả. Khi P tìm thấy Puppet King ở Sân khấu Nhà hát Opera Estella, Romeo đã cố gắng cảnh báo cậu về ý định thực sự của Geppetto là chuyển trái tim của P cho một con rối khác bằng một vở kịch ngắn. Sau đó, Romeo xuất hiện và đưa tay muốn hòa giải với P. Tuy nhiên, P vẫn không hiểu và hất tay cậu ra. Cả hai cuối cùng vẫn phải chiến đấu một mất một còn với nhau. Trước khi chết, Romeo vẫn cảm ơn P vì đã trao cho mình sự tự do thực thụ.
Trở lại với P, sau khi đến được Isle of Alchemists, cậu tìm thấy một hình chiếu khác của Sophia. Tại đây, cô giải thích rằng mình là con gái của thủ lĩnh cũ của các Nhà giả kim, nhưng khi cha cô mất và Manus lên nắm quyền, mọi thứ đã thay đổi. Hắn phát hiện ra khả năng Listener của cô và lợi dụng Sophia để điều khiển Ergo cho các thí nghiệm của mình. Trên bãi biển hướng tới Tu viện Arche, những con sóng Ergo mạnh mẽ đã thao túng thời gian và cho P thấy những ký ức thời trẻ của Carlo. Hóa ra, Geppetto tuy là một nhà khoa học đại tài, nhưng lại là một người cha tồi. Ông ta luôn bỏ rơi Carlo, khiến cậu phải lớn lên trong trường nội trú Monad Charity House. Tại đây, chính Sophia đã giới thiệu Carlo với Romeo, và cả hai đã nhanh chóng trở thành bạn thân. Carlo, oán giận vì Geppetto bỏ lỡ buổi lễ tốt nghiệp, đã tặng Romeo chiếc vòng cổ của mình khi thấy cậu tỏ ra ngưỡng mộ ông. Carlo sau đó đã qua đời vì nhiễm phải căn bệnh hóa đá.
Geppetto vô cùng đau khổ trước cái chết của Carlo. Sau khi phát hiện ra rằng những con rối đã lấy lại được nhân tính khi Ergo của chúng thức tỉnh, Geppetto liền tìm mọi cách để hồi sinh con trai mình. Tuy nhiên, con rối mà Geppetto tạo ra từ xác của Carlo lại quá hiệu quả với Ergo và có khả năng hủy diệt nó, cũng tức là hủy diệt linh hồn của con trai ông. Bởi vậy, Geppetto đã cất con rối đi và tạo ra một con rối mới mang tên Pinocchio, hay chính là P, trong một xưởng bí mật ở Nhà ga Trung tâm Krat. Bằng việc đưa P-Organ vào P, Geppetto biết rằng cậu sẽ thu thập được lượng lớn Ergo, giúp P-Organ có thể chịu được cơ thể của con rối ban đầu. Để P có thể thu thập được nhiều Ergo nhất mà không bị trở ngại, Geppetto đã biến cậu thành con rối duy nhất không bị ràng buộc bởi Grand Covenant, đạo luật buộc những con rối phải nghe theo lệnh của người chế tạo, đồng thời phải phục vụ và không được làm hại con người. Ngoài ra, Geppetto cũng tạo cho P một ngoại hình gần giống với Carlo để Ergo thu thập được sẽ được tinh chỉnh theo cách sao cho P có tính cách gần giống với Carlo nhất có thể. Sau đó, Geppetto khởi động Puppet Frenzy và đẩy Krat vào cảnh hỗn loạn như những gì P thấy khi thức tỉnh.
Trở lại với cốt truyện chính, P sau đó sẽ thâm nhập được vào căn cứ của các Nhà giả kim và phải đói đầu với Laxasia, cánh tay phải của Manus và cũng là thí nghiệm tiến hóa thành công đầu tiên của hắn ta. Sau khi đánh bại Laxasia, P sẽ tìm thấy thân xác thực sự của Sophia. Cơ thể của cô đã bị biến đổi một cách khủng khiếp bởi Ergo và luôn trong trạng thái đau đớn tột cùng. Chính nỗi đau ấy đã giúp cô có thể giải phóng hình chiếu của mình ra khắp thành phố Krat và đánh thức P. Sức mạnh Ergo khủng khiếp của Sophia cũng là nguyên nhân khiến cô có thể hồi sinh P mỗi khi người chơi thất bại.
Tại đây, Sophia sẽ yêu cầu P giải thoát cho mình bằng cái chết. Người chơi có thể chọn lựa giữa việc nghe theo hoặc từ chối. Sau đó, P tìm thấy Geppetto đang bị giam giữ bởi Black Cat và Red Fox. Ngay sau khi giải cứu ông ta, người chơi sẽ ngay lập tức phải đối đầu với Manus. Mặc dù Manus đã biến hình bằng cách sử dụng một vật phẩm gọi là Cánh tay của Chúa, nhưng với sự kiên trì, P vẫn có thể hạ gục hắn ta.
Sau khi đánh bại Manus, P sẽ phải đối mặt với một số lựa chọn sẽ ảnh hưởng đến cái kết của trò chơi. Geppetto sẽ yêu cầu P trả lại P-Organ, thứ mà cậu đang không ngừng tăng cường bằng nhân tính của mình, để ông ta có thể trao nó cho con rối được tạo ra bằng thân xác của Carlo. Nếu đồng ý, người chơi sẽ nhận được Bad Ending, khi Con rối mới, nằm hoàn toàn dưới sự kiểm soát của Geppetto, sẽ giết tất cả mọi người trong Khách sạn theo lệnh của ông ta.
Nếu từ chối, người chơi sẽ phải chiến đấu với Con rối vô danh (Nameless Puppet) trong cuộc chiến cuối cùng. Sau khi bị đánh bại, Con rối không tên sẽ cố gắng hủy diệt P-Organ, nhưng Geppetto đã hy sinh bản thân để cứu lấy nó. Nếu người chơi chọn nói sự thật trong phần lớn trò chơi, Geppetto sẽ gọi P là một con rối vô dụng. Ngược lại, nếu chọn nói dối, ông ta sẽ rơi nước mắt vì P đã thực sự có được nhân tính. Sau đó, P sẽ quay trở lại ban công trên đỉnh Tu viện và trả lại Ergo của mình cho một con rối của Sophia, mang lại cho cô một khởi đầu mới. Sophia sau đó sẽ tỉnh lại và ôm lấy P, đang rơi vào trạng thái mê man.
Dù nhận được Ending nào, sau phần credit, người chơi đều sẽ biết được rằng Giangio thực ra là một Nhà giả kim có tên Paracelsus và thuộc về một tổ chức nào đó. Anh ta đến Krat để giao Cánh tay của Chúa cho Manus và theo dõi hắn ta như một thí nghiệm. Paracelsus đề cập đến P như một “người anh em mới” và tuyên bố sẽ trở lại với công việc truy tìm Dorothy, mở ra những khả năng về một phần hậu bản lấy cảm hứng từ cuốn tiểu thuyết “Phù thủy xứ Oz”.