Người đọc có thể theo dõi những phần còn lại trong series cốt truyện của Lies of P qua những đường link sau:
- Phần 1: cot-truyen-lies-of-p-pinocchio-duoc-ke-theo-phong-cach-souls-like.150548/
- Phần 3: cot-truyen-lies-of-p-bi-kich-cua-su-chuoc-loi-phan-cuoi.150576
Sau khi nhận được thông tin về lũ xác sống ở nhà thờ, Sophia yêu cầu P điều tra Quận Malum lân cận, sợ rằng những người sống sót ở đó cũng đang bị bao vây bởi kẻ địch mới. Vào khoảng thời gian này, P cũng được Venigni tặng cho một Bộ giải mã sóng Ergo, giúp phát hiện được bất kỳ kết nối nào giữa các con rối kẻ thù. Quận Malum hóa ra đang nằm dưới sự kiểm soát của Black Rabbit Brotherhood, một nhóm những tên lính đánh thuê được cho là chỉ tuân theo nguyên tắc của riêng mình.
Sau khi chiến đấu và hạ gục thủ lĩnh của hội, P tìm thấy chứng cứ về việc bọn chúng đang làm việc cho các Nhà giả kim. Trong căn cứ của hội cũng có một con đường dẫn tới Gold Coin Fruit Tree, nơi Giangio đã ở đó sẵn, và một bức chân dung có hình của một cậu bé giống hệt P. Nếu đem trả bức chân dung cho Geppetto, ông ta sẽ thừa nhận rằng đó chính là Carlo, cậu con trai đã qua đời của mình, và là hình mẫu để ông tạo ra P.
Sau khi mối hiểm họa từ lũ xác sống tạm lắng lại, P có thể di chuyển đến Phố Rosa Isabelle, nơi Puppet King, mục tiêu tiếp theo của P, đang đóng quân. Trên đường phố, P bị tấn công bởi White Lady, một lính đánh thuê đã phát điên vì đau buồn trước sự ra đi của Adelina, người chị gái mà cô tin rằng đã bị lũ rối giết chết.
Sau khi bị buộc phải giết cô, P phát hiện ra Adelina ở Nhà hát Opera Estella nằm cuối phố. Cô ta tiết lộ rằng chính cô là người đã phá hoại sự nghiệp của em gái mình để cô không phải chia sẻ sự chú ý, và ngay sau đó chết vì căn bệnh hóa đá. Nhà hát lớn cũng là nơi cư ngụ của Puppet King. Trước khi bước vào trận chiến với P, nó đã trình diễn một vở kịch cho thấy một con rối giống P bị một nhân vật có vẻ là Geppetto lấy đi trái tim và chuyển sang một con rối mới. Puppet King sau đó có vẻ như muốn hợp tác nhưng lại bị P thẳng thừng từ chối, và cuộc chiến xảy ra. Trong giai đoạn thứ hai, lớp vỏ khổng lồ của Puppet King phát nổ, để lộ ra bên trong một con rối hình người bị cháy rụi tên là Romeo. Sau nhiều cam go, P cuối cùng cũng giành được chiến thắng.
Geppetto chào đón P bên ngoài Nhà hát lớn và chúc mừng chiến thắng của cậu, nhưng sau đó ra lệnh cho P đi tìm các Nhà giả kim, những người đã thông báo rằng họ đã tìm ra cách chữa khỏi căn bệnh hóa đá. P phải tìm cách vượt qua những con rối, thụ động hơn khi chúng đang thương tiếc cho cái chết của vị vua, để đến Lorenzini Arcade, nơi chứa đầy những xác sống đột biến mạnh mẽ. Sau khi vượt qua mê cung, P bước vào Phòng triển lãm lớn, một địa điểm được cho là để giới thiệu những bước phát triển của Ergo với toàn thế giới, trước khi thảm họa Puppet Frenzy xảy ra. Sau khi giải thoát Belle, một người sống sót đang trốn khỏi những con rối và xác sống trong phòng triển lãm, P tiến đến đấu trường, nơi cậu phải đối mặt với Nhà vô địch Victor. Victor là một đấu sĩ vô cùng nổi tiếng tại Krat, từng mắc bệnh nặng tưởng như đã chết, rồi sau đó được hồi sinh nhờ đột biến Ergo bởi các Nhà giả kim.
Dù giành được chiến thắng, nhưng P không phải là người ra đòn kết liễu với Victor, mà đó là Laxasia, tay sai đắc lực của Simon Manus. Manus là thủ lĩnh hiện tại của các Nhà giả kim và là nhân vật bí ẩn đã xuất hiện ở cuối Chapter 4. Manus tiết lộ với P rằng Ergo là dạng kết tinh của linh hồn con người, và vì vậy nó là nguồn năng lượng hữu hiệu cho các con rối.
Nguyên nhân ra đời của căn bệnh hóa đá và đột biến cũng là do các Nhà giả kim thí nghiệm Ergo và Manus tin rằng đó chính là bước tiếp theo trong quá trình tiến hóa của loài người. P sau đó phải đuổi theo Manus đến Isle of Alchemists (Đảo Giả Kim) để ngăn chặn những điều tồi tệ tiếp theo có thể xảy ra.
Vào khoảng thời gian này, căn bệnh hóa đá của Antonia ngày càng trầm trọng, và với lời cầu xin từ Polendina, P có thể hợp tác với Giangio để chế thuốc cho bà bằng cách sử dụng Gold Coin Fruit. Nếu làm điều đó, người chơi sẽ có thể kéo dài tuổi thọ của Antonia thêm một chút, và góp phần vào sự phát triển cho nhân tính của P.
Trở lại với cốt truyện chính, cách duy nhất để theo chân Manus đến Isle of Alchemists là sử dụng phương tiện do Venigni chế tạo, nhưng nó cần một mảnh Ergo vàng bị thất lạc để làm nhiên liệu. Vị trí cuối cùng mà mảnh Ergo ấy được nhìn thấy là Đầm lầy Barren, một bãi rác chứa đầy những con rối bị hỏng. Mảnh Ergo sau đó được tìm thấy nhưng lại bị canh giữ bởi một con quái vật đột biến sử dụng những mảnh rối làm áo giáp. P tiêu diệt con quái vật và lấy được mảnh Ergo vàng.
Với mảnh Ergo vàng, P lẽ ra đã sẵn sàng đến Đảo, nhưng cậu lại nhận được tín hiệu cấp cứu từ Sophia rằng Khách sạn đang bị tấn công. Trên đường trở về thông qua Nhà ga trung tâm Krat, nơi trò chơi bắt đầu, P nhận ra đường phố giờ đây đã biến đổi do bị Ergo ô nhiễm và số lượng xác sống gia tăng chóng mặt. Khi quay trở lại và đánh bại phiên bản đột biến của Parade Master, P phát hiện ra khách sạn đã bị tàn phá. Geppetto đã bị bắt cóc bởi Alidoro, kẻ đã phản bội khách sạn, cùng với Black Rabbit Brotherhood, tất cả đều được các Nhà giả kim thuê. Sau khi gặp lại, Sophia lần đầu tiên tiết lộ với P về thân thế của mình, và rằng Sophia mà chúng ta đã giao tiếp từ trước tới nay chỉ là một hình chiếu. Cô tiết lộ rằng mình là một Listener, một người có khả năng lắng nghe và điều khiển Ergo, đó là lý do tại sao cô có thể sử dụng Ergo để cứu P và tăng cường sức mạnh cho cậu. Lý do mà Sophia đánh thức P không phải để cứu Krat mà là để tự cứu mình.
P sau đó được Antonia chỉ cho con đường bí mật bên dưới khách sạn dẫn đến Isle of Alchemists.