Dr. STONE không còn là một cái tên quá mới lạ với độc giả yêu thích thể loại shounen, đặc biệt với dân thích tìm hiểu về khoa học. Tuy vẫn thuộc thể loại giả tưởng, nhưng phần lớn các áp dụng khoa học của các nhân vật đều rất thiết thực và vẫn có khả năng thực hiện trong tương lai.
Senku Ishigami vẫn giữ nguyên danh hiệu thiên tài khoa học hàng đầu của Dr. Stone kể từ khi bộ truyện bắt đầu. Giờ đây, vị trí ấy đang bị đe dọa bởi sự xuất hiện của cựu tiến sĩ viện NASA, Xeno, một nhân vật tiến bộ về mặt khoa học nhất tính tới diễn biến hiện tại của manga, và một người có vẻ khác biệt nhiều về hệ tư tưởng.
Tiến sĩ Xeno thì tin tưởng vào một chế độ độc tài được lãnh đạo bởi những cá nhân vĩ đại nhất giỏi về khoa học, còn Senku, vì hoàn cảnh đặc biệt, buộc phải dẫn dắt một nhóm có xuất phát thấp hơn, và đưa họ đến những đỉnh cao phi thường của nhân loại. Từ việc phát triển phương pháp chữa bệnh, cho đến việc đi qua Bắc Thái Bình Dương để đến được nước Mỹ. Trong thời đại mà khoa học có vẻ trái ngược với chính trị ở một số quốc gia, tác giả của Dr. Stone đã đưa ra lời khuyên có thể coi khá là hợp thời: khi gặp nguy hiểm, hãy tin tưởng khoa học ở một mức độ hợp lý.
Lập luận mà tác giả Riichiro Inagaki và họa sĩ Boichi đưa ra thực sự khá đơn giản, và nó được minh họa - theo nghĩa đen - trong nhiều tình huống. Khi Taiju tỉnh dậy, Taiju đang ở trong một thế giới hoàn toàn xa lạ. Một nơi mà thứ duy nhất xung quanh anh là những bức tượng đá từng là con người. Ở nơi mà hầu hết mọi người sẽ tuyệt vọng, Taiju cố gắng tìm thấy hy vọng trong hai điều.
Đầu tiên, sự thật là Yuzuriha, người mà anh yêu, vẫn còn sống, mặc dù cô vẫn đang bị hóa đá. Thứ hai, anh tìm thấy ánh sáng nơi người bạn học thiên tài Senku. Thứ khoa học mà Senku sản xuất để giúp xây dựng lại nền văn minh nhân loại và giải thoát những người bị hóa đá. Trong những lúc bản thân đang ở giữa "đồng không mông quạnh", Inagaki và Boichi nói rằng khoa học là một trong số ít những thứ "thực tế" mà ta có thể dựa vào. Và cả hai đã cho độc giả thấy sức mạnh thực sự của thứ có tên "khoa học" này.
Tuy nhiên, mặc dù khoa học được cho là "thực tế", nhưng nó có thể bị dùng với mục đích xấu. Tiến sĩ Xeno là một ví dụ điển hình cho điều này. Xeno phát triển một chế độ chuyên chế ở nước Mỹ thời kỳ hậu hóa đá. Một nền văn minh được trang bị súng máy và máy bay hiện đại.
Bằng cách xây dựng Xeno và Senku là cố vấn và học sinh, hai cá nhân có những cách tiếp cận cực kỳ khác nhau trong một thế giới hậu khải huyền, tác giả đã đưa ra hình ảnh hai cách nắm quyền của hai nhà khoa học trong truyện tranh. Và cách thức họ làm cũng trái ngược với cách tiếp cận của những nhà khoa học ngoài đời thực của chúng ta. Hầu hết độc giả sẽ đứng về phía Senku. Bởi vì cậu ta được xây dựng để trở thành nhân vật "tốt", trong khi hình ảnh của phe Xeno là "phản diện" trong diễn biến hiện tại. Mặc dù điều đó có thể thay đổi khi hai nhà lãnh đạo gặp mặt trực tiếp, gặp lại nhau lần đầu tiên sau 4.000 năm.