New York năm 1782, Connor lúc này như một con thú săn mồi đang trên đường âm thầm tiếp cận thủ lĩnh mới của Hội hiệp sĩ dòng đền, ngài Charles Lee đáng kính. Thật không may khi gã sát thủ lại bị đám người của Lee bắt giữ. Khi đối mặt với nhau Lee có vẻ vô cùng mất bình tĩnh và tự trách bản thân vì cái chết của Haytham. Hắn gần như mất trí khi thào thét lên rằng đáng lý ngày hôm đó, hắn nên ở lại, rằng Haytham đã phái hắn ra ngoài chỉ vì tự tin rằng sẽ không có gì nguy hiểm khi chỉ đối mặt với thằng con Connor của mình. Rõ ràng là cựu thủ lĩnh băng Templar tại thuộc địa đã sai và giờ đây Charles Lee muốn trả đũa, muốn tàn sát, muốn đốt phá, muốn giết hại hết những ai mà Connor yêu quý để báo lại mối thù quá lớn mà gã sát thủ đã gây ra cho bọn họ.
Trong lúc bị giải đi Connor đã dùng công phu quyền cước của mình để đánh gục hết bọn áp giải đồng thời còn tranh thủ tra khảo hành trình kế tiếp của Charles Lee. Một tên trong số đó nói rằng ông chủ của chúng đã ra bến tàu để bắt thuyền về Boston. Gã da đỏ nhanh chóng lần theo dấu vết nhưng khi xâm nhập vào chiếc HMS Jersey hắn không nhìn thấy bóng dáng của Lee mà chỉ nghe trộm được đoạn hội thoại “làm ăn” giữa bọn lính đánh thuê. Theo đó bọn tay chân của Lee đang rất cáu vì gã đô đốc hải quân của chiếc HMS Jersey không cung cấp hàng đúng theo hứa hẹn. Bọn chúng đe dọa sẽ làm thịt hết con tàu khiến tên chỉ huy người Anh sợ hãi và hứa hẹn rằng trong hai ngày nữa hàng sẽ được giao đủ. Bên cạnh đó hắn cũng đích thân đến quán rượu Rồng Xanh để gặp và xin lỗi Charles Lee về những phiền toái này.
Sau khi ám sát tên chỉ huy, Connor đến quán Rồng Xanh và gặp ngay một tên điêu dân giả bộ lương thiện nhưng sau khi tra tấn nhè nhẹ hắn đã phun hết mọi thông tin gã sát thủ yêu cầu. Theo đó Charles Lee vẫn hoạt động ở Boston nhưng không dám vào thành phố. Hắn luôn lo sợ điều gì đó nên thường xuyên ẩn mình tại khu xưởng đóng tàu sát ngay bến cảng và thậm chí đã có ý định rời khỏi nước Mỹ. Đến đây không cần tra khảo tiếp thì ai cũng hiểu Lee đang e ngại điều gì rồi, quả nhiên đã làm sát thủ mà còn vào vai chính thì khả năng gây ám ảnh cho kẻ địch cũng không nhỏ chút nào. Bằng các biện pháp nghiệp vụ Connor nhanh chóng tìm ra kẻ đang cố tình lẩn tránh mình nhưng với sự cảnh giác cao độ Lee đã lẩn nhanh như chuột.
Trong quá trình đuổi bắt dù bị đám lâu la hết sức ngăn cản cuối cùng thì Connor cũng tiếp cận được Lee khi cả hai cùng rớt xuống khoang hàng của con tàu đang cháy. Dù cùng té núi nhưng Charles Lee vẫn khỏe như trâu trong khi gã sát thủ bị thương nằm một chỗ. Tiếp nối truyền thống tốt đẹp của các vai phản diện từ xưa đến nay, Lee bắt đầu nói luyên thuyên với Connor với các giá trị nhân sinh và nhanh chóng bị tay da đỏ nổ súng bắn gục. Dù bị thương nặng nhưng Lee vẫn cố thoát khỏi khoang tàu trong khi Connor lại ngất đi. Sau khi tỉnh lại thì vườn đã không và nhà cũng trống, hỏi thăm người quản lý bến tàu Connor được biết Lee đã bắt chuyến phà trở về đất liền từ lâu nhưng gã da đỏ không quá hoang mang bởi hắn biết sẽ tìm được tay thủ lĩnh Templar ở nơi nào.
Bị thương nặng, bê bết máu me và kiệt sức là trình trạng chung của Connor Kenway lẫn Charles Lee khi giáp mặt với nhau ở quán rượu Rồng Xanh. Tại địa điểm nhiều duyên nợ này, hai con người đại diện cho hai hội nhóm, hai ý thức hệ đã đối nghịch với nhau mấy chục ngàn năm lại có thể điềm tĩnh cùng uống với nhau bình rượu rum cuối cùng trước khi thích khách xuống tay lấy mạng người của hội đền thánh. Sau khi kết liễu Lee, Connor cũng tiện tay “tịch thu” tấm mề đay, thứ được xem là chìa khóa cửa của ngôi đền thiêng mà người ta từng có dịp trông thấy trong các chương khởi đầu Assassin’s Creed III. Sáu tháng sau đó, câu chuyện tiếp diễn ở làng Kanatahséton bị bỏ hoang khi Connor trở về đây kích hoạt tấm mề đay và mụ nữ thần Juno bất lương lại bắt đầu chơi trò dụ đỗ.
Connor cảm thấy sứ mệnh của mình đã thất bại khi cuối cùng dân làng đã bị ép phải rời đi nhưng Juno nói rằng đó là cái giả phải trả tương xứng để đổi lấy ý chí tự do. Mụ yêu cầu Connor hãy cất giấu thật kỹ tấm mề đay, đừng để ai trông thấy và khi thời cơ chín muồi, mọi sự sẽ tiến diễn đúng như cách mà nó phải diễn ra. Dù vẫn tràn đầy hoài nghi nhưng vì Juno được xem là THẦN nên cuối cùng gã da đỏ vẫn thực hiện yêu cầu của mụ. Khi đã suy nghĩ cẩn thận hắn quyết định sẽ chôn giấu tấm mề đay tại ngôi mộ của Connor Davenport, đứa con trai duy nhất đã chết yểu vì dịch thương hàn trong thời kỳ chiến tranh Anh Ấn của Achilles. Cuộc phiêu lưu của Connor trong game sẽ kết thúc tại đây nhưng con đường của Desmond Miles tại thế giới thật vẫn còn tiếp diễn.
Sau khi đào lên tấm mề đay, tay hacker quyết định dùng chiếc “chìa khóa” này để khởi động ngôi đền cổ. Juno xuất hiện yêu cầu Miles chạm vào khối cầu trên bệ đỡ để giải cứu thế giới nhưng ả đã bị Minerva cản lại và vạch trần bộ mặt giả dối bất lâu nay. Hóa ra trước khi Đại Thảm Họa diễn ra, 3 nhà khoa học nổi tiếng của Isu, Jupiter, Minerva và Juno không bị cuốn vào cuộc chiến, đã tự nhốt mình vào đền thiêng để cố gắng nghiên cứu tìm mọi cách để ngăn chặn thảm họa. Trong lúc này, biết được rằng loài người sẽ sống sót và phát triển trở lại, Juno đã có kế hoạch riêng, là thay vì tìm mọi cách cứu Trái đất, thì sẽ cai trị nó sau khi thảm họa diễn ra. Kết quả, Minerva và Jupiter đã phát hiện và giam cầm ả vào Cực Xám, hệ thống mạng của đền thiêng.
Tuy nhiên, trước khi bị phong ấn, Juno đã âm thầm cấy ghép ngẫu nhiên vào thế hệ loài người DNA của Aita, chồng của Juno, vốn đã chết vì một thí nghiệm bất thành. Một thời gian sau, Minerva đã phát triển ra The Eye, một bệ đỡ cho phép một người có thể kích hoạt một rào chắn bảo vệ trái đất, nhưng từ Cực Xám, Juno đã lén sửa đổi nó, khiến ai kích hoạt bệ đỡ sẽ phá vỡ phong ấn giam cầm Juno. Phát hiện được điều này, Minerva quyết định chôn vùi The Eye thay vì giải phóng Juno, chấp nhận để Đại Thảm Họa xảy ra, và đồng thời gần như xóa xổ cả mọi sinh vật trên trái đất. Một thời gian ngắn sau, các Isu hoàn toàn tuyệt chủng, để lại các Piece of Eden, và các ngôi đền thiêng nằm rải rác mọi nơi.
Tuy nhiên, các di sản của Isu kéo dài hàng ngàn năm qua các truyền thuyết, lịch sử, văn hóa, trở thành nền tảng của nhiều lý tưởng, tôn giáo khác nhau mà trường tồn mãi theo thời gian. Đồng thời giữa loài người, dẫu ít ỏi vẫn còn rất nhiều người mang DNA của các Isu, thỉnh thoảng lại nổi lên một số cá nhân ưu tú với DNA nổi trội hơn hẳn, sở hữu những giác quan hiếm người có cùng với khả năng sử dụng được các Piece of Eden mà hầu như không gặp trở ngại. Bên cạnh đó cứ vài thế hệ thì lại xuất hiện các hóa thân của Aita, hay được gọi là các Sage, đã lập ra một giáo phái thờ Isu, mang sứ mệnh giải phóng Juno tự do khỏi Cực Xám và thống trị thế giới. Desmond Miles cũng là một người bị Juno dụ dỗ kịch hoạt The Eye nhằm giải phóng cho mụ.
Đây thực sự là một lựa chọn vô cùng khó nhằn vì không giải phóng Juno thế giới sẽ bước vào một kỳ Đại Thảm Họa mới trong khi nếu thả mụ ra mọi chuyện chưa chắc tốt đẹp hơn. Lựa chọn của Desmond chắc những người từng chơi qua đều đã biết có lẽ Mọt tui không cần phải nhắc lại thêm lần nữa làm gì.
- Cốt truyện Assassin’s Creed III Remastered – P.1: Tấm mề đay và tân thế giới
- Cốt truyện Assassin’s Creed III Remastered – P.2: Những người nô lệ da đỏ
- Cốt truyện Assassin’s Creed III Remastered – P.3: Kho báu không thể mở
- Cốt truyện Assassin’s Creed III Remastered – P.4: Người da đỏ trầm lặng
- Cốt truyện Assassin’s Creed 3 Remastered – P.5: Danh sư xuất cao đồ
- Cốt truyện Assassin’s Creed 3 Remastered – P.6: Thiện ác khó phân
- Cốt truyện Assassin’s Creed 3 Remastered – P.7: Gây chiến để tìm hòa bình
- Cốt truyện Assassin’s Creed 3 Remastered – P.9: Kẻ thù của kẻ thù là bạn
- Cốt truyện Assassin’s Creed 3 Remastered – P.10: Trắng đen lẫn lộn, bạn bè giết nhau
- Cốt truyện Assassin’s Creed 3 Remastered – P.11: Huyết thống và bất đồng
- Cốt truyện Assassin’s Creed 3 Remastered – P.Cuối: Bí mật vườn địa đàng