Cũng tương tự như hai phần trước, cốt truyện Mafia III kể về số phận của một thanh niên da màu nghèo túng và hành trình trả thù đám mafia Ý cũng như công cuộc gầy dựng lại băng đảng Black Mob tại thành phố New Bordeaux tại miền nam nước Mỹ. Không còn là những người da trắng có xuất thân thấp hèn, luôn cố gắng vươn mình thoát nghèo nhưng càng lúc lại càng lún sâu hơn vào con đường phạm pháp, cuộc hành trình sa ngã vào thế giới hắc ám của Lincoln Clay đa phần là tự nguyện bởi anh ta nóng lòng trả thù đồng thời được nuôi dưỡng từ nhỏ trong một gia đình vốn là thủ lĩnh của nhóm xã hội đen gốc Phi.
Gã cựu chiến binh vừa giải ngũ và công việc mới
Lincoln Clay sinh ra vào tháng giêng năm 1945 nhưng chỉ hai năm sau đứa trẻ này đã bị mẹ của nó bỏ rơi tại cô nhi viện Saint Michelle tọa lạc tại French Ward, New Bordeaux. Đến năm 1958 cô nhi viện không còn kinh phí để duy trì nên buộc phải đóng cửa nhưng số phận của Lincoln tương đối may mắn khi được ông bà Sammy và Perla Robinson nhận về nuôi dưỡng. Dù chỉ là con nuôi thế nhưng tình cảm nhà Robinson dành cho Lincoln không khác gì con ruột, đôi khi họ còn khiến đứa con ruột Ellis cảm thấy ganh tị vì ông anh nuôi của mình được yêu thương nhiều hơn. Trong khi vẫn đang cố gắng tìm kiếm thông tin về cha mẹ đẻ của mình, Lincoln đã vừa đủ tuổi quân dịch nên anh ta buộc phải nhập ngũ vào năm 1964.
Trong quân đội đầu tiên anh phục vụ tại Trung đoàn bộ binh 223 trước khi được thuyên chuyển sang Lực lượng Đặc biệt số 5 với quân hàm trung sĩ. Đến tháng 4/1966, Lincoln tiếp nhận một nhiệm vụ bí mật và kết bạn với nhân viên CIA John Donovan, người sau này sẽ hỗ trợ rất đắc lực cho anh trong việc gầy dựng lại Black Mob cũng như đánh bại nhà Marcano. Quá trình phục vụ trong quân đội của Lincoln không có nhiều niềm vui nhưng chắc chắn rất hữu ích khi cung cấp nhiều kiến thức trong việc sử dụng thành thạo nhiều loại súng ống và chất nổ. Quá trình phục vụ tại Lực lượng Đặc biệt số 5 cũng giúp anh trở thành một chuyên gia trong lĩnh vực hành động lén lút hay lúc cộng tác cùng CIA anh đã được hướng dẫn cách vận dụng thích đáng mọi yếu tố có lợi như đánh đòn phủ đầu tâm lý với kẻ địch chẳng hạn.
Sau 4 năm phục vụ trong quân đội, Lincoln giải ngũ trở về New Bordeaux với ước mơ khởi hành đến California tìm kiếm vận may trong sự nghiệp. Tiếc thay mơ ước bất thành vì Sammy Robinson, thủ lĩnh của băng nhóm gốc Phi đang gặp rắc rối với các thành viên của xã đoàn Haiti vì tranh giành địa bàn làm ăn. Thấy cha nuôi gặp khó, Lincoln quyết định sẽ ra tay giúp đỡ bằng cách nhận nhiệm vụ đến Bayou Fantom để làm thịt Baka, lãnh đạo của nhóm du đãng Haiti. Dù tiêu diệt được Baka nhưng mọi việc vẫn còn rất rối rắm do trong thời gian làm ăn không thuận lợi Sammy Robinson đã vay một khoản lớn từ gã Sal Marcano để duy trì bang Black Mob. Sal là một tên mafia nham hiểm gốc Ý, thường xuyên kết nối làm ăn cùng các nhóm tội phạm tại New Bordeaux. Do quan hệ rộng rãi, hắn rất có tiếng nói và mặt mũi trong thế giới ngầm tại đây nhưng Lincoln không thích con người này.
Để trả lại món nợ đã vay của Sal, Sammy đồng ý giúp sức thực hiện vụ cướp tại chi nhánh của Cục Dự trữ Liên bang tại New Bordeaux. Tuy nhiên Sam đã già nên ông ta sẽ cử hai đứa con của mình đến tìm Sal tại câu lạc bộ đồng quê để thảo luận thêm về kế hoạch này. Tại buổi gặp mặt, Sal cực kỳ ấn tượng với cách mà Lincoln đã giải quyết trùm băng Haiti nên tay mafia gợi ý gã hãy thay thế Sammy để trở thành thủ lĩnh mới của Black Mob và quản lý khu Delray Hollow. Là con người sống tình cảm, dĩ nhiên Lincoln không đời nào chấp nhận một đề nghị như thế. Tuy nhiên anh ta vẫn đồng ý hỗ trợ vụ cướp cùng với bất cứ yêu cầu gì từ phía Sal. Đến ngày thực hiện kế hoạch, Trong khi Lincoln và Giorgi cải trang thành nhân viên vận chuyển để xâm nhập vào tòa nhà chính thì Ellis cùng Danny lo công việc của họ bên dưới đường cống để tạo lối thoát.
Vụ cướp thành công nhưng vui quá hóa buồn
Kế hoạch là cả băng dùng mũi khoan do cha của Danny cung cấp, đục một lỗ to phía dưới hầm bạc sau đó hai người ở trên vơ vét hết tiền vàng trong kho để chuyển xuống dưới. Để tẩu thoát, bọn họ đã đậu sẵn một chiếc ca nô trong đường cống để thoát ra những con sông chằng chịt của miền nam nước Mỹ, lúc đó thì trời cao biển rộng mặc sức mà bay. Giai đoạn đầu tương đối thuận lợi khi Lincoln và Giorgi không gặp nhiều khó khăn để xâm nhập vào hầm chứa tiền tuy nhiên lúc thoát ra ngoài mọi chuyện lại khó khăn hơn khi bọn họ bị phát hiện và phải đấu súng kịch liệt với các nhân viên bảo vệ. Sau cùng nhờ pha đặt bom nổ sập hầm thần thánh cả nhóm đã thoát khỏi hầm bạc của Cục Dự trữ Liên bang với màn đua ca nô dưới cống ngầm đầy chất nghệ của Lincoln. Trở về căn cứ của Black Mob, Lincoln hí hửng khoe chiến tích với ông già của mình, với số tiền cướp được lên đến 6 triệu đô la.
Với phần được chia xấp xỉ 2 triệu thì nhà Robinson chẳng những có thể thanh toán sòng phẳng nợ nần cho Sal Marcano mà còn dư tiền sống sung túc đến hết đời. Khi bọn đang nhảy múa để uống mừng tương lai giàu có ở phía trước thì Sal Marcano, Giorgi và Ritchie Doucet xuất hiện tại nhà Robinson để lấy phần được chia. Sammy rất vui vẻ vì phi vụ thành công trót lọt nên mời đám mafia gốc Ý một chầu. Trong lúc đang nói chuyện hào hứng thì bất ngờ Giorgi rút súng bắn vào đầu Lincoln sau đó xử luôn Daniel Burke. Trong lúc choáng váng vì vết thương trên đầu, Lincoln thấy Ritchie Doucet thì rút dao đâm Ellis liên tiếp còn Sal Marcano thì bắn Sammy gần chục phát đạn. Trước khi ôm hết số tiền rời đi, Giorgi còn thả một mồi lửa thiêu hủy quán bar của nhà Robinson. Lúc sắp gục ngã, những hình ảnh mà Lincoln thấy được là ảo ảnh Sammy rời đi với gương mặt buồn bã trong khi cha xứ James thì bất chấp nguy hiểm lao vào căn nhà đang bốc cháy để cứu anh ta.
Trước khi bất tỉnh hoàn toàn, gã cựu chiến binh vẫn cố gắng nhờ cha James gọi điện cho ông bạn thân John Donovan đến giúp đỡ. Vết thương rất nặng khiến Lincoln phải nằm nghỉ dưỡng một thời gian khá dài mới có thể tỉnh lại và đi đứng bình thường được. Khi hồi phục việc đầu tiên mà Lincoln suy nghĩ đến chính là tìm Sal Marcano để trả thù. Cha James không có ý kiến gì chuyện đó nhưng khuyên Lincoln rằng Sal là một thằng khốn nạn nên giết hắn thì cũng ổn thôi có điều sau khi ân đền oán trả hãy để mọi chuyện trôi qua chớ đừng chìm đắm trong mối thù hận khiến bạo lực tiếp tục leo thang tại New Bordeaux. Lincoln không chấp nhận điều đó bởi thứ anh ta muốn không đơn giản chỉ là cái mạng của Sal mà gã cựu chiến binh còn muốn gầy dựng lại băng bảng gốc Phi, tâm huyết của người cha nuôi thân yêu. Dĩ nhiên dưới sự thống trị toàn diện của nhà Marcano, muốn làm được điều đó chắc chắn sẽ không thiếu những vụ xung đột tại thành phố tọa lạc tại vùng vịnh phía Nam Hoa Kỳ.
Cha James chỉ muốn tốt cho Lincoln nhưng hận thù chất chứa quá lớn trong tim biến gã trở nên tàn độc hơn xưa rất nhiều. Vì để Sal Marcano cảm nhận được thống khổ khi đế chế do bản thân xây dựng bị phá hủy từng chút một, Lincoln sẽ không ngần ngại gì mà quậy tung cả New Bordeaux với những vụ thanh trừng đẫm máu. Quan điểm bất đồng khiến cả hai tan rã trong không khí đầy gượng gạo, cha James dạy mọi người hãy cố gắng đối xử tử tế với nhau và sống trong sự bình yên. Nhưng từ trải nghiệm của bản thân suốt quá trình phục vụ tại chiến trường, giai đoạn cộng tác cùng CIA và quan trọng nhất là thảm kịch khủng khiếp vừa xảy ra cách đó vài tháng, Lincoln Clay giờ đây kiên trì với nhận định chỉ kẻ mạnh mới có tư cách sống trong yên bình bởi khi đó không ai dám gây hấn với hắn ta cả. Vẫn giữ sự tôn trọng thích đáng với người cứu mạng mình, Lincoln cùng Donovan từ biệt cha xứ quay về căn cứ cũ của Black Mob để thu thập vài vật dụng cá nhân cần thiết cũng như bàn kế hoạch làm sao vặn ngã Sal Marcano.
Còn tiếp…