Lý do Elisa phản bội
Đào thoát từ vòng vây của Cunningham, Big Boss và Elisa lập tức lên đường tìm kiếm nhà máy lắp ráp Metal Gear bởi Elisa cho rằng màn đêm sẽ giúp họ dễ dàng nhìn thấy ánh sáng phát ra từ nhà máy. Bởi Big Boss tò mò về lý do tại sao Elisa lại phản bội Gene và giúp đỡ mình, Elisa hé lộ một phần quá khứ: cô giúp Gene bởi hắn ta đã cứu cô và Ursula khỏi số phận làm vật thí nghiệm cho các nghiên cứu nhằm khai thác sức mạnh của các ESP (người có năng lực siêu nhiên). Điều thôi thúc Elisa phản bội là vì trước đây, bố mẹ của Elisa đã chết trong một thảm họa hạt nhân khiến cô cho rằng đó là một thứ vũ khí không ai được phép sử dụng, còn Gene lại đang âm mưu trải đầy những vụ nổ hạt nhân lên khắp thế giới.
Khi tìm được nhà máy lắp ráp Metal Gear, Big Boss tin rằng mình đang có cơ hội tốt để xâm nhập bởi Elisa đã phản bội còn Null đang cần được điều chỉnh, nhưng Elisa nói với anh rằng cả Gene cũng là một đối thủ đáng gờm. Nhờ chương trình Successor Project, Gene là một chiến binh giỏi đủ sức điều khiển một chiến binh hoàn hảo như Null, với khả năng phản xạ còn tốt hơn cả Null và kỹ thuật chiến đấu đến từ The Boss. Tuy nhiên Elisa vẫn tin rằng Big Boss sẽ thành công bởi cô nhìn thấy anh phá hủy Metal Gear trong những cảnh tiên tri của mình.
Big Boss phá hủy RAXA
Với những thông tin cần thiết trong tay, Big Boss xâm nhập ngay vào nhà máy nhưng bị Gene phát hiện trước khi có cơ hội đặt thuốc nổ phá hủy cỗ máy Metal Gear có tên RAXA. Trước ánh mắt bất ngờ của Big Boss, RAXA xả súng vào toán quân của Gene, nhưng không viên đạn nào trúng vào Gene dù hắn ta không hề nhúc nhích. Hóa ra RAXA đang được điều khiển bởi đại tá Skowronski và gã này muốn giết tất cả những kẻ “phản bội từ gốc rễ” trong đó có Gene. Trong tình thế hỗn loạn, Big Boss tóm lấy Gene và đòi binh sĩ của hắn ta buông vũ khí, nhưng Gene bất ngờ ra lệnh cho Ursula “thức tỉnh.”
Khi nghe được mệnh lệnh này, Elisa gào lên yêu cầu Big Boss giết mình ngay lập tức, nhưng anh do dự vì không hiểu điều gì đang xảy ra và không bắn mặc cho những gì Elisa căn dặn trước đó. Màu tóc của Elisa thay đổi từ vàng sang xanh và nhân cách Ursula xuất hiện, khiến Big Boss nhận ra rằng cả Elisa và Ursula thật ra là cùng một người. Ursula nói rằng mình quyết định sẽ giết Big Boss trước khi ông kịp “sinh ra những con rắn đáng nguyền rủa”, sau đó ném đại tá Skowronski ra khỏi buồng lái rồi dùng RAXA làm vũ khí tấn công nhân vật chính của chúng ta. Sau một trận chiến ngắn, RAXA nổ tung và có vẻ như cả Ursula lẫn Elisa đều thiệt mạng trong vụ nổ của cỗ máy này.
Tái ngộ Sokolov
Việc Metal Gear bị phá hủy khiến các binh sĩ của Gene đánh mất ý chí chiến đấu – không có món vũ khí này, họ sẽ không bao giờ xây dựng được “quốc gia lý tưởng” của mình. Tuy nhiên đây chưa phải là kết thúc, bởi Ghost liên lạc với Big Boss để cho anh biết RAXA không phải là cỗ máy Metal Gear có khả năng phóng tên lửa hạt nhân mà Gene sử dụng làm “át chủ bài” nó chỉ là một bản thử nghiệm để đánh giá tính năng. Cũng vào lúc này, Ghost bước vào bãi chiến trường để lộ nhân dạng thực sự của mình: tiến sĩ Sokolov, cha đẻ của Shagohod. Điều này lý giải tại sao Ghost lại biết về dự án Metal Gear của Granin bởi họ là đối thủ của nhau trong quá khứ.
Sokolov nói rằng dù mình biết ơn Gene đã giải cứu ông khỏi trại tù của Liên Bang, ông không thể đứng nhìn Gene sử dụng Metal Gear và vũ khí hạt nhân trên tổ quốc mình. Trong khi đôi bên đang tranh cãi, Big Boss nghe được tiếng trực thăng vận tải bay ngang qua trên đầu và nhận ra rằng chúng đang vận chuyển cỗ máy Metal Gear thực sự, còn tất cả những gì đang xảy ra chỉ là trò câu giờ của Gene và Ursula. Gene nói rằng giai đoạn chiến tranh lạnh sẽ sớm kết thúc, nhưng điều này không có nghĩa là hòa bình sẽ trở lại mà là sự khởi đầu của chiến tranh, và đồng đội sẽ trở mặt thành kẻ thù.
Động cơ thực sự của Gene
Bằng giọng nói có khả năng kích động tâm linh của mình, Gene khiến cho các binh sĩ dưới quyền hỗn loạn và tự giết lẫn nhau, khiến Big Boss trúng một phát đạn lạc vào tay. Hắn ta rời khỏi nhà máy bởi không còn cần đến nó, và để lộ sự căm ghét của mình với nhân loại khi gọi con người là những sinh vật ngu xuẩn, mong manh nhưng lại đầy bạo lực. Johnathan, người lính đầu tiên Big Boss tuyển mộ trên hòn đảo hi sinh tính mạng để cứu Big Boss giữa bãi chiến trường hỗn loạn, và cuộc đột nhập của người chơi kết thúc khi Big Boss là kẻ sống sót duy nhất giữa một khung cảnh điên cuồng.
Sau khi trở về căn cứ của mình, Big Boss nhận được tin từ một gián điệp rằng họ đã tìm ra tài liệu thể hiện cấu trúc của khu căn cứ được dùng để phóng Metal Gear. Nó được bảo vệ vô cùng nghiêm ngặt và việc tấn công thẳng vào cửa chính là tự sát, nhưng Big Boss tìm ra được điểm yếu trong hệ thống điện có thể giúp anh mở cửa trong khoảng 5 phút và lẻn vào trong. Sau khi tạo ra một quả bom hẹn giờ để đặt vào bảng điều khiển của nhà máy phát điện cho căn cứ, Snake dự định rời khỏi nhà máy điện nhưng bất ngờ phát hiện ra xác của nhiều binh sĩ nằm rải rác trong nhà máy điện này.
Góc nhìn của Bookgrinder:
Còn tiếp…
- Cốt truyện Metal Gear Solid 3 – Sự khởi đầu của cuộc chiến
- Cốt truyện Metal Gear Solid 3 – Chiến dịch “kẻ ăn rắn”
- Cốt truyện Metal Gear Solid – P.1: Các hiền triết Philosophers
- Cốt truyện Metal Gear Solid – P.2: Người phụ nữ mang mật danh The Boss
- Cốt truyện Metal Gear Solid – P.3: Nhà khoa học Sokolov và nhiệm vụ Virtuous
- Cốt truyện Metal Gear Solid – P.4: Naked Snake trên lãnh thổ Liên Bang
- Cốt truyện Metal Gear Solid – P5: Đánh bại Volgin
- Cốt truyện Metal Gear Solid – P.6: Người anh hùng và kẻ phản bội
- Cốt truyện Metal Gear Solid – P7: Lực lượng FOX phản bội
- Cốt truyện Metal Gear Solid – P8: Big Boss và âm mưu của CIA
- Cốt truyện Metal Gear Solid – P.9: Những sự kiện điên rồ