Assassin’s Creed 3 đã từng có một kết thúc rất khác với kết thúc hiện tại khi series chỉ mới được lên kế hoạch ra mắt ba phần game.
Trong khi một số game thủ không hài lòng với hướng đi tập trung vào thần thoại như hiện tại của Assassin’s Creed thì thật ra yếu tố đó vẫn luôn là một phần cốt lõi của cả series. Và tất nhiên hẳn các game thủ đã chơi Assassin’s Creed 3 đều biết rằng ở đoạn kết Desmond chết và Juno được giải phóng ra thế giới (kẻ bị chặn lại sau đó bởi con trai của Desmond là Elijah trong truyện tranh), tạo tiền đề để tựa game bắt đầu tập trung nhiều hơn vào các yếu tố thần thoại.
Tuy nhiên, một bài báo học thuật gần đây cho thấy kết thúc đã biết của AC3 vốn không phải là kết thúc dự kiến. Nhà nghiên cứu Lars de Wildt thuộc tổ chức nghiên cứu KU Leuven đã chia sẻ một bài báo nghiên cứu nêu chi tiết cách Ubisoft làm cho tôn giáo trở nên phổ biến với nhiều đối tượng hơn. Bài báo về Assassin’s Creed này có các cuộc phỏng vấn nhà phát triển và họ đã chỉ ra rằng phần kết dự định ban đầu sẽ có tình tiết Desmond và Lucy rời đi trên một con tàu vũ trụ.
Trở lại khi series được lên kế hoạch ra mắt ba phần game thay vì nhiều hơn, kế hoạch ban đầu cho Assassin’s Creed 3 sẽ là Desmond và Lucy rời Trái đất vào năm 2012 để bắt đầu một nền văn minh mới ở nơi khác giống như Adam và Eve. Với số lượng các tài liệu về Adam và Eve trong các phần game của Ezio, điều này khá hợp lý và một số kết nối đó vẫn còn cho đến ngày nay. Phần kết này đã được giải thích trong một chú thích dài trong bài báo, nơi Wildt ghép đoạn kết lại với nhau thông qua các cuộc phỏng vấn với người sáng tạo ban đầu của AC là Patrice Desilets và giám đốc sáng tạo của AC3 là Alex Hutchinson.
Theo nghiên cứu của Wildt, kết thúc ban đầu này cũng được Nolan North ám chỉ công khai tại Metrocon 2015 về việc Desmond đánh bại Abstergo nhờ các kỹ năng có được từ Altair và Ezio, nhưng điều đó không ngăn được ngày tận thế xảy ra và vì vậy Desmond với Lucy trốn thoát bằng cách lấy được phi thuyền mà có khả năng là từ hang Isu. Cốt truyện “Adam và Eve” này cũng giải thích tại sao Lucy lại được đặt tên là “Lucy”, cái tên được đặt cho hoá thạch đầu tiên của tổ tiên loài người mà các nhà khảo cổ trong thế giới thực khám phá ra .
Cuối cùng Assassin’s Creed 3 đã chọn giải phóng Juno ra toàn thế giới và Lucy phải chết trong Assassin’s Creed Brotherhood (được cho là vì nữ diễn viên Frozen Kristen Bell yêu cầu tiền bản quyền cho các lần xuất hiện trong tương lai). Bản thân loạt game từ đó cũng sẽ không kết thúc với Assassin’s Creed 3 nữa, và các trò chơi AC mới tiếp tục được ra mắt với Assassin’s Creed Valhalla là tựa game mới nhất tiếp tục kể những câu chuyện của vũ trụ Assassin’s Creed tới các game thủ.