Sau lần hợp tác ngắn ngủi với cha của mình, Connor dường như trưởng thành hơn một chút, biết lắng nghe, biết suy nghĩ cẩn thận và quan trọng hơn hết là biết nhận lỗi khi hắn quay về trang viên Davenport để xin Achilles tha thứ. Lão sát thủ cũng không quá để tâm, chỉ tùy ý nói rằng ít nhất Connor đã đúng khi nhận xét Achilles là kẻ thất bại. Ông ta thất bại trong việc thi hành mệnh lệnh của Hội sát thủ, thất bại trong việc ngăn cản sự bành trướng của Templar và thất bại trong việc bảo toàn tính mạng của đồng đội. Vì tất cả những chuyện đó Achilles sẽ không để tâm về những lời mạt sát của Connor nhưng gã da đỏ lại tiếp tục tìm đường chết khi cho rằng có thể mang lại hòa bình vĩnh cửu nếu hợp nhất cả hai tổ chức lại làm một. Theo Connor Assassin và Templar thực tế có cùng mục đích theo đuổi chỉ khác nhau về tư tưởng và hành động. Thực tế hiện giờ Templar tại thuộc địa đang bước vào kỳ suy yếu, thật tốt nếu hai bên có thể đạt được nhận thức chung.
Trước ánh mắt hoài nghi của Achilles, Connor thẳng thắn thừa nhận đã gặp cha mình trong phi vụ gần đây cũng như cảm thấy có thể thuyết phục được ông ta. Nhưng lão sát thủ chỉ hỏi rằng Haytham có thể lắng nghe nhưng chắc gì ông ta sẽ hiểu tường tận, thậm chí nếu khả năng đó xảy ra chưa chắc một thủ lĩnh Templar sẽ nguyện ý ngồi xuống nói chuyện phải trái với Hội sát thủ hay tán thành lý tưởng của đối phương. Connor thì cho rằng qua vụ của Benjamin Church có thể thấy khi hai nhóm thật lòng cộng tác với nhau, hiệu quả phát sinh là vô cùng ấn tượng thế nên hắn sẽ đến New York gặp cha của mình để trình bày ý tưởng này bất chấp việc Achilles có đồng ý hay không. Quan hệ thầy trò của đôi bên lại tiếp tục trở về trạng thái căng thẳng thêm lần nữa khi bất đồng chính kiến giữa đôi bên là quá to lớn khi một kẻ quyết tâm đi theo con đường cấp tiến trong khi phía còn lại e ngại những hành vi bộc phát của đối phương sẽ mang lại tai họa ngầm trong tương lai.
Trở lại New York, Connor liền bị cha của mình yêu cầu hỗ trợ trong nhiệm vụ truy lùng một tên sĩ quan thuộc phái bảo hoàng, người nắm thông tin về một cuộc tấn công lớn của lính Anh vào khu vực này. Nhìn chung hai cha con này khá là khôi hài khi rất quan tâm đến tình huống của đối phương nhưng do vướng bận thân phận cùng mặt mũi nên đôi khi tình cảm dành cho nhau lại trở thành những câu cà khịa dễ khiến người ta nổi cáu. Sau khi tấn công và bắt giữ một nhóm lính Anh họ đã tra khảo được vài thông tin hữu ích. Theo đó quân đội Anh đã càn quét xong Philadelphia nên sẽ tăng lính gấp đôi tại New York để đẩy lùi lực lượng Patriot ra khỏi thành phố. Gã sĩ quan Anh cũng khai rằng nếu không có gì bất ngờ xảy ra vào phút chót, kế hoạch đánh úp New York sẽ chính thức được triển khai vào ngày 18/6/1778. Connor muốn đi cảnh báo cho Washington nhưng bất ngờ nhìn thấy Haytham vung tay cắt cổ gã sĩ quan.
Điều này khiến Connor nổi đóa và chất vấn tại sao cha mình lại có thể ra tay giết người một cách thoải mái như vậy. Lại là những tranh luận về sự ngây thơ của Connor và sự thực dụng đến mức lạnh lùng của các chiến binh giàu kinh nghiệm, có điều lần này Haytham đã thế vai của Achilles để giáo huấn chính con trai của mình. Lần này có vẻ là cãi nhau to bởi ông cha lẫn thằng con không ai chịu lùi bước, họ cãi nhau liên tục từ New York cho đến Valley Forge và chỉ chịu ngừng lại khi gặp mặt Washington để thông báo về việc người Anh sẽ tăng gấp đôi lực lượng. Lúc này Haytham bất ngờ cướp lấy bức thư Washington đang viết dở rồi đưa cho Connor xem, theo đó tổng tư lệnh đã ra chỉ thị cho lực lượng kháng chiến tấn công vào bộ lạc da đỏ Kanien’kehá:ka vì có tin báo rằng những người thổ dân muốn hợp tác với quân đội Anh. Cũng từ sự kiện này, Haytham kết luận rằng rất có thể vụ đốt làng 14 năm trước khiến mẹ Connor chết cháy là kiệt tác của những người lính dưới quyền của tổng tư lệnh Washington đáng kính.
Xâu chuỗi các sự kiện từ trước đó, cùng thái độ mỉa mai của những gã Templar trước góc nhìn ngây thơ của tên da đỏ, rất có thể giả thuyết Haytham nêu ra là sự thật. Tuy nhiên Connor không có tâm trạng phân định ai đúng ai sai nữa, hắn vội vã rời khỏi doanh trại của quân kháng chiến để ngăn chặn mệnh lệnh tấn công làng Kanien’kehá:ka đồng thời không quên cảnh cáo cả Haytham lẫn Washington nếu không muốn chết thì đừng có bám theo. Sau khi giết khá khá lính truyền tin trên đường trở về, Connor nghe già làng nói Charles Lee đã thuyết phục được các chiến binh trong bộ tộc đi phục kích lính Patriot. Tin tức này thật sự tệ hại bởi một khi xung đột xảy ra, hiểu lầm sẽ không thể hóa giải bởi phía Patriot cho rằng người Kanien’kehá:ka đang giúp thực dân Anh, trong khi dân da đỏ nghĩ quân kháng chiến muốn cướp đất của họ. Để ngăn mọi chuyện trở nên tệ hại hơn Connor phải hạ gục nhóm da đỏ đang phục kích đồng thời đối mặt với người bạn thân Kanen’tó:kon.
Ban đầu Connor chỉ muốn nói chuyện phải trái nhưng kết cục vẫn phải dùng đến vũ lực vì Kanen’tó:kon đã hoàn toàn bị Charles Lee thuyết phục rằng quân Patriot sẽ đến cướp đất còn người bạn Connor tiếp tay cho bọn xâm lược. Trong lúc xô xát, Connor buộc phải dùng thanh Hidden Blade kết liễu mạng sống của người bạn từ thuở thiếu thời. Trước lúc qua đời Kanen’tó:kon nói dù hắn chết thì Connor vẫn thất bại bởi Charles Lee đã đến Monmouth để báo tin cho quân đội bảo hoàng về những kế hoạch quân sự của lực lượng Patriot. Ngày 28/6/1778, Connor truy đuổi Charles Lee đến Monmouth và gặp Marquis de Lafayette, sĩ quan phụ tá của Washington. Marquis cho biết Charles Lee đã dẫn theo người của mình rời bỏ trận địa. Sự rút lui này gây ảnh hưởng nghiêm trọng đến những kế hoạch của quân Patriot vì Lee nhận được khá nhiều sự tín nhiệm từ Washington nhưng việc quan trọng nhất bây giờ là phải cầm chân lính Anh để lực lượng kháng chiến có thể rút lui an toàn. Connor nhận nhiệm vụ nguy hiểm này và Marquis đã giao cho gã da đỏ những binh sĩ ưu tú nhất để chỉ huy.
Sau khi tất cả lực lượng rút lui an toàn, Connor gặp Washington tại Monmouth và báo cho vị tổng tư lệnh biết về hành vi phản kèo giữa cuộc chiến của Lee. Marquis cũng đứng xác nhận những gì gã da đỏ thông báo thế nhưng Washington có vẻ không để tâm lắm đến điều này, ông ta chỉ đáp lại qua loa rằng mình sẽ lập tức cho người điều tra cẩn thận những lời cáo buộc. Sau khi nghe những lời xã giao này, tay sát thủ chỉ cười cay đắng và nói vài câu mỉa mai. Washington cũng không vừa khi thuyết giáo rằng mọi thứ đều phải có chứng cớ đầy đủ nếu không quân Patriot có khác gì lũ Red Coats đầu. Cảm thấy quá thất vọng và tức giận với vị tổng tư lệnh nên Connor quay người bỏ đi đồng thời không quên thả lời hung ác rằng nếu Washington quyết định bỏ qua cho Lee, gã da đỏ sẽ tự xử lý mọi chuyện theo cách của mình và đây có thể là lần cuối cùng hắn phụng sự cho quân kháng chiến.
Lúc này quá trình đồng bộ bị đột ngột cắt đứt, Rebecca Hall hốt hoảng thông báo cha của Desmond Miles đã bị Abstergo bắt giữ. Shaun Hastings cho biết chúng đang giam giữ William tại Ý, trong cơ sở bí mật từng nhốt Desmond. Trong đoạn băng gửi tới Viddic nói nếu Desmond muốn ông già của mình được tự do hãy mang Quả táo Địa Đàng đến mà trao đổi. Với bản chất cục súc của mình Desmond không suy nghĩ quá nhiều khi quyết định lao thẳng đến nước Ý và nghênh ngang đi vào trự sở của Abstergo để cứu ông già. Sau khi đánh bại bọn cảnh vệ và đuổi theo Daniel Cross bất ngờ phát rồ, Desmond cuối cùng cũng đến được nơi William bị Viddic giam giữ. Tại đây Desmond dùng sức mạnh của Apple of Eden để điều khiển đám cảnh vệ nổ súng giết Viddic sau đó tự sát hại lẫn nhau. Tận dụng sức mạnh của Quả táo cuối cùng hai cha con cũng thoát khỏi trụ sở Abstergo để trở về căn cứ của họ tại ngôi đền thiêng.
Một lần nữa Desmond lại thấy bóng ma của Juno và nghe bà ta lảm nhảm đủ điều về tình yêu với Aita và những ân oán tình thù của nền văn minh cổ đại. Kiên nhẫn nghe hết hay bỏ qua thì tùy nhưng cuối cùng Desmond sẽ gắn thêm một khối Artifact vào ngôi đền để mở khóa những bí ẩn của nó.
- Cốt truyện Assassin’s Creed III Remastered – P.1: Tấm mề đay và tân thế giới
- Cốt truyện Assassin’s Creed III Remastered – P.2: Những người nô lệ da đỏ
- Cốt truyện Assassin’s Creed III Remastered – P.3: Kho báu không thể mở
- Cốt truyện Assassin’s Creed III Remastered – P.4: Người da đỏ trầm lặng
- Cốt truyện Assassin’s Creed 3 Remastered – P.5: Danh sư xuất cao đồ
- Cốt truyện Assassin’s Creed 3 Remastered – P.6: Thiện ác khó phân
- Cốt truyện Assassin’s Creed 3 Remastered – P.7: Gây chiến để tìm hòa bình
- Cốt truyện Assassin’s Creed 3 Remastered – P.9: Kẻ thù của kẻ thù là bạn
- Cốt truyện Assassin’s Creed 3 Remastered – P.10: Trắng đen lẫn lộn, bạn bè giết nhau