Nếu các game khác có dòng thời gian rộng lớn nhưng phần lớn là yếu tố gián tiếp tạo ra bối cảnh cũng như làm tiền đề cho các sự kiện hay ân oán trong game thì Chrono Trigger lại khác. Game này lấy việc du hành thời gian làm cốt lõi câu chuyện vì vậy nó cung cấp cho người chơi một dòng chảy thời gian có thể trực tiếp tương tác lên đến hơn 65 triệu năm.
Câu chuyện game bắt đầu với 3 người bạn Crono, Lucca và Marle có thời gian sống gốc ở năm 1000 AD (AD = sau công nguyên). Trong một thí nghiệm về máy dịch chuyển không gian, tấm mặt dây chuyền gia bảo truyền đời của Marle vô tình tác động vào cỗ máy và tạo ra một lổ hổng không gian. Cả nhóm từ đó có khả năng dịch chuyển thời gian và bắt đầu cuộc hành trình. Tuy vậy, đây không phải là bài cốt truyện mà là giới thiệu dòng thời gian vì vậy Mọt sẽ kể theo dòng thời gian thay vì diễn biến cốt truyện.
Năm 65.000.000 BC (BC = trước công nguyên): Đây là mốc thời gian xa nhất mà nhóm của Crono du hành đến. Tại đây loài người đang ở thời kỳ hoang sơ và phải đấu tranh sinh tồn cùng một loài bò sát tiến hóa cao, loài người đang thua dần vì yếu thế hơn trong công nghệ cũng như độ phát triển.
Nhóm Crono đã gặp Ayla, nữ thủ lĩnh của bộ lạc loài người và nhận được hòn đá giấc mơ (Dream Stone), thứ họ cần để sửa thanh thần kiếm Masamune ở một thời điểm khác. Cũng tại đây, một viên thiên thạch kỳ lạ đã rơi xuống trúng vào trại của tộc bò sát, sức công phá của vụ nổ tiêu diệt hoàn toàn chủng loài bò sát đang sinh sống trong trại. Đây cũng là nơi duy nhất loài này sống tập trung dẫn đến tuyệt chủng loài bò sát.
Viên thiên thạch khổng lồ đó hóa ra là một con quái vật ngoài hành tinh được Ayla gọi nó là Lavos và cũng là phản diện chính trong game. Nó đến trái đất với mục đích thu thập ADN của các loài sống trên trái đất để tăng sức mạnh. Sau khi đủ sức mạnh nó sẽ hủy diệt muôn loài và sinh sản ra thế hệ sau lan tỏa tiếp vào không gian.
Năm 3.000.000 BC: Trái đất rơi vào kỷ băng hà, một mảnh nhỏ tách khỏi người Lavos và trồi lên mặt đất, đây là mảnh băng mang thuộc tính lửa kỳ diệu gọi là Frozen Flame. Nó giúp một nhóm những người cổ đại tìm ra nó khả năng tạo ra lửa và học cách sử dụng phép thuật. Nhóm này sau đó đã phát triển vượt bậc và xây dựng một đế quốc hùng mạnh bay lơ lửng trên trong trung gọi là Zeal. Trong khi đó, loài người còn lại tiếp tục sống mông muội dưới mặt đất.
Năm 12.000 BC: Đế quốc Zeal phát triển cực thịnh, họ phát hiện ra sự tồn tại của Lavos, nữ hoàng Zeal có tham vọng dùng một cỗ máy gọi là Mammon để hút sức mạnh của Lavos và đạt được sự bất tử. Kế hoạch này càng được đẩy nhanh hơn khi một nhà tiên tri bí ẩn bất ngờ xuất hiện và mách cho nữ hoàng nhiều cách hữu hiệu để thực kế hoạch hiệu quả hơn. Tuy nhiên khi dùng Frozen Flame để kích hoạt Mammon, Lavos không bị hút sức mạnh mà ngược lại được đánh thức. Nó lập tức quét sạch vương quốc Zeal, hai con của nữ hoàng là hoàng tử Janus và công chúa Schala cũng biến mất. Ba nhà hiền triết Belthasar, Gaspar và Melchior cũng bị bắn đi sang các thời điểm khác nhau trong dòng thời gian.
Đế quốc Zeal diệt vong, công chúa Schala là người đeo sợi dây chuyền có viên ngọc điều khiển thời gian dùng để điều khiển Mammon được cho là biến mất không rõ số phận khi là người còn lại duy nhất bên cạnh Lavos trong khi mọi người đều bị “đá” đi nơi khác hoặc bị tiêu diệt. Tất cả những gì còn lại là sợi dây chuyền và viên frozen flame rơi xuống mặt đất, lưu lạc trong nhân gian. Loài người mông muội bên dưới mặt đất tiếp tục phát triển chậm rãi về tương lai.
AD: Sau nhiều năm phát triển, loài người đạt đến một mức văn minh cực thịnh, vương quốc loài người là Guardian được thành lập và đang trong thời đại phồn vinh. Sợi dây chuyền thời gian được tìm thấy và truyền thừa từ đời này sang đời khác trong hoàng gia, frozen flame cũng được tìm thấy.
590 AD: Hoàng tử Janus rơi vào khoảng thời gian này, anh được nhận nuôi, dạy phép thuật bởi lãnh đạo một nhóm sử dụng phép thuật tên là Ozzie. Janus đổi tên thành Magus. Với ý định sẽ trả thù Lavos, Magus trở thành một phù thủy hùng mạnh và luôn khát khao được mạnh hơn nữa. Hắn cùng với nhóm phép thuật của mình hoành hành bá đạo trở thành một thế lực mạnh mẽ và tạo ra cuộc chiến với loài người. Trong một cuộc đấu, Magus đã giết chết hiệp sĩ Cyrus và biến bạn của anh ta là hiệp sĩ Glenn thành một con ếch (Frog). Frog đã thoát được mang theo thanh kiếm Masamune của Cyrus bị gãy làm 2 và thề sẽ trả thù cho bạn.
Sau nhiều nỗ lực và tin rằng mình đã đủ sức trả thù, Magus thực hiện kế hoạch triệu hồi Lavos bằng cách đi ngược thời gian về 12.000 BC với lớp vỏ bọc là một nhà tiên tri. Còn Frog gặp nhóm Crono và nhờ họ tìm cách sửa giúp thanh Masamune đang bị gãy vì đây là vũ khí duy nhất có phép thuật khắc chế được loại phép của Magus.
600 AD: Marle bị sự cố của mặt dây chuyền nên rơi từ 1000 AD về thời đại này, cô lập tức bị hiểu nhầm là nữ hoàng Leene (tổ tiên của cô) của vương quốc Guardian đang bị bắt cóc đòi tiền chuộc. Crono và Lucca trở về gặp được Marle nhưng hiệu ứng thời gian (nữ hoàng không được cứu nên Marle không được sinh ra) khiến cho Marle biến mất. Cả nhóm phải đi tìm và giải cứu nữ hoàng thật để trả lại dòng thời gian đúng và đưa Marle trở lại.
1000 AD: Tại hội chợ thiên niên kỷ, cha con Lucca là nhà sáng chế đã quyết định thử nghiệm cỗ máy dịch chuyển tức thời và Marle xung phong thử máy. Tai nạn xảy ra khi mặt dây chuyền làm thay đổi công dụng của cỗ máy ném cô về 600 AD, Crono và Lucca tự tạo những lổ hổng tương tự để đi theo giải cứu Marle.
Sau khi họ mang Marle trở về thì thân phận của Marle là công chúa Nadia cũng lộ diện và Crono bị kết tội bắt cóc công chúa bị giam vào ngục. Lucca phá ngục cứu Crono, khi cả 2 chạy trốn thì gặp Marle, cả 3 chạy vào rừng thì gặp một lổ hổng thời gian giúp họ trốn tạm cuộc truy đuổi của quân lính và đưa họ về năm 2300 AD.
1999 AD: Lavos thức tỉnh và phá hủy toàn bộ văn minh nhân loại
2300 AD: Nhóm Crono rơi khỏi cuộc truy đuổi của quân lính và nhận ra bối cảnh hoang tàn của tương lai. Họ lục lại bộ nhớ của máy tính và chứng kiến cảnh Lavos tiêu diệt nhân loại năm 1999 AD trong một đoạn dữ liệu. Lucca sửa thành công một con robot và đặt tên nó là Robo. Nhờ sự giúp đỡ của thành viên mới, họ tìm được cách tạo ra cổng thời gian để về nhà. Tuy nhiên do một sự cố chập điện khiến cả nhóm rơi vào một vùng thời gian vô định (End of Time).
Thời gian vô định: Đây là một nơi trôi dạt giữa không – thời gian hay còn gọi là năm vô cực. Nhóm Crono gặp Gaspar, nhà hiền triết Zeal bị đẩy vào vùng không gian này. Ông ta gặp một người khác là Spekkio cũng đang kẹt lại ở đây và cả 2 cùng lưu lại nơi này cho đến khi nhóm Crono đến.
Thông qua Spekkio, nhóm Crono được giải thích nhiều điều về những mốc thời gian trong quá khứ. Hai nhà hiền triết ở ẩn này cũng chỉ dẫn nhóm Crono các bước để tiêu diệt Lavos và cứu lấy thế giới bằng cách quay lại các mốc thời gian trước đó và thay đổi quá khứ cũng như tìm thêm sức mạnh mới dẫn đến cái kết cuối cùng là chiến đấu và tiêu diệt Lavos.
Nếu loại trừ mốc thời gian vô định vốn không xác định là ở năm nào hay liệu nó có phải là một không gian trôi dạt giữa dòng chảy thời gian hay không, chúng ta có một dòng thời gian của Chrono Trigger là 65 triệu + 2300 năm. Điều đặc biệt là Chrono Trigger cho phép chúng ta trực tiếp đến và chiến đấu trong các mốc thời gian từ cổ chí kim này.
Có thể nói Chrono Trigger là tựa game có dòng thời gian có thể xác định chính xác dài nhất trong thế giới game.
- Những tựa game có dòng thời gian dài nhất: Lord of the Rings
- Những tựa game có dòng thời gian dài nhất: Warcraft
- Những tựa game có dòng thời gian dài nhất: Mass Effect
- Những tựa game có dòng thời gian dài nhất: Dragon Age
- Những tựa game có dòng thời gian dài nhất: Chrono Trigger